MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Xla-Mir-133-P2d-v2

Family name MIR-133 (all species)
Seed UGGUCCC
Species African clawed frog (Xenopus laevis)
MiRBase ID xla-mir-133b
Paralogues Xla-Mir-133-P1a-v1  Xla-Mir-133-P1a-v2  Xla-Mir-133-P1b-v1  Xla-Mir-133-P1b-v2  Xla-Mir-133-P2c-v1  Xla-Mir-133-P2c-v2  Xla-Mir-133-P2d-v1  Xla-Mir-133-P3a-v1  Xla-Mir-133-P3a-v2  Xla-Mir-133-P3b-v1  Xla-Mir-133-P3b-v2  Xla-Mir-133-P4a  Xla-Mir-133-P4b 
Orthologues Aae-Mir-133  Aca-Mir-133-P2-v1  Aca-Mir-133-P2-v2  Aga-Mir-133  Ami-Mir-133-P2-v1  Ami-Mir-133-P2-v2  Asu-Mir-133  Bge-Mir-133  Bta-Mir-133-P2-v1  Bta-Mir-133-P2-v2  Cbr-Mir-133  Cel-Mir-133  Cfa-Mir-133-P2-v1  Cfa-Mir-133-P2-v2  Cin-Mir-133  Cja-Mir-133-P2  Cli-Mir-133-P2-v1  Cli-Mir-133-P2-v2  Cpi-Mir-133-P2-v1  Cpi-Mir-133-P2-v2  Cpo-Mir-133-P2-v1  Cpo-Mir-133-P2-v2  Cte-Mir-133  Dan-Mir-133  Dgr-Mir-133  Dlo-Mir-133  Dma-Mir-133  Dme-Mir-133  Dmo-Mir-133  Dno-Mir-133-P2-v1  Dno-Mir-133-P2-v2  Dpu-Mir-133  Dsi-Mir-133  Dya-Mir-133  Eba-Mir-133  Eca-Mir-133-P2-v1  Eca-Mir-133-P2-v2  Efe-Mir-133  Egr-Mir-133  Esc-Mir-133  Ete-Mir-133-P2-v1  Ete-Mir-133-P2-v2  Gga-Mir-133-P2-v1  Gga-Mir-133-P2-v2  Gja-Mir-133-P2-v1  Gja-Mir-133-P2-v2  Gpa-Mir-133  Gsp-Mir-133  Hme-Mir-133  Hru-Mir-133  Hsa-Mir-133-P2-v1  Hsa-Mir-133-P2-v2  Isc-Mir-133  Laf-Mir-133-P2  Lan-Mir-133  Lch-Mir-133-P2  Lgi-Mir-133  Lhy-Mir-133  Llo-Mir-133  Loc-Mir-133-P2-v1  Loc-Mir-133-P2-v2  Mdo-Mir-133-P2-v1  Mdo-Mir-133-P2-v2  Mgi-Mir-133  Mml-Mir-133-P2-v1  Mml-Mir-133-P2-v2  Mmr-Mir-133-P2-v1  Mmr-Mir-133-P2-v2  Mmu-Mir-133-P2-v1  Mmu-Mir-133-P2-v2  Mom-Mir-133  Mun-Mir-133-P2-v1  Mun-Mir-133-P2-v2  Oan-Mir-133-P2-v1  Oan-Mir-133-P2-v2  Obi-Mir-133  Ocu-Mir-133-P2-v1  Ocu-Mir-133-P2-v2  Ofu-Mir-133  Ovu-Mir-133  Pab-Mir-133-P2  Pau-Mir-133  Pbv-Mir-133-P2-v1  Pbv-Mir-133-P2-v2  Pca-Mir-133  Pcr-Mir-133  Pdu-Mir-133  Pma-Mir-133-o2-v1  Pma-Mir-133-o2-v2  Pve-Mir-133  Rno-Mir-133-P2-v1  Rno-Mir-133-P2-v2  Rph-Mir-133  Sha-Mir-133-P2-v1  Sha-Mir-133-P2-v2  Sma-Mir-133  Snu-Mir-133  Spt-Mir-133-P2  Spu-Mir-133  Tca-Mir-133  Tgu-Mir-133-P2-v1  Tgu-Mir-133-P2-v2  Tur-Mir-133  War-Mir-133  Xbo-Mir-133  Xtr-Mir-133-P2-v1  Xtr-Mir-133-P2-v2 
Node of Origin (locus) X. laevis
Node of Origin (family) Bilateria
Genome context
(GCF_001663975.1_XLA_v2)		 NC_030733.1: 130020489-130020547 [+] UCSC Ensembl
Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-133-P2d-v2)		 Mir-133-P2d-v1 NC_030733.1: 130020489-130020547 [+] UCSC Ensembl
Mir-133-P2d-v2 NC_030733.1: 130020489-130020547 [+] UCSC Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
GUAUGUCUCAGGGCCUUACAGGCUGCUAUGGCUGGUCAAACGGAACCAAGUCCGUCUUCCUUAGAGGUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUAUUGCAGUACUGAGCCUCAACAGCCCCAAGC
Get precursor sequence
Structure
        10         20         30        40        50         
GUAUGUCUCAGGGCCUUA-   -|    U         CA  C  A       CCGUCUU 
                   CAG GCUGC AUGGCUGGU  AA GG ACCAAGU       \
                   GUC UGACG UAUCGACCA  UU CC UGGUUUG       C
CGAACCCCGACAACUCCGA   A^    U         AC  C  C       GAGAUUC 
       110       100        90        80        70        60
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsCNNC at 3p(+17)
Tissue expression
-   +
Em
Star sequence

Xla-Mir-133-P2d-v2_5p*
mirBase accessionNone
Sequence 
0- GCUGGUCAAACGGAACCAAGU -21
Get sequence
Mature sequence

Xla-Mir-133-P2d-v2_3p
mirBase accessionMIMAT0011137
Sequence 
38- UUGGUCCCCUUCAACCAGCUA -59
Get sequence