| MirGeneDB ID | Pma-Mir-219-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-219 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAUUGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pma-Mir-219-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-219 Aga-Mir-219 Agr-Mir-219 Bfl-Mir-219 Bge-Mir-219 Bko-Mir-219 Bla-Mir-219 Bpl-Mir-219 Cin-Mir-219 Csc-Mir-219 Cte-Mir-219 Dan-Mir-219 Dgr-Mir-219 Dlo-Mir-219 Dma-Mir-219 Dme-Mir-219 Dmo-Mir-219 Dpu-Mir-219 Dsi-Mir-219 Dya-Mir-219 Eba-Mir-219 Egr-Mir-219 Esc-Mir-219 Gpa-Mir-219 Gsa-Mir-219 Gsp-Mir-219 Hmi-Mir-219 Hru-Mir-219 Isc-Mir-219 Lan-Mir-219 Llo-Mir-219 Mgi-Mir-219 Mom-Mir-219 Obi-Mir-219 Ofu-Mir-219 Ovu-Mir-219 Pau-Mir-219 Pca-Mir-219 Pcr-Mir-219 Pfl-Mir-219 Pmi-Mir-219 Pve-Mir-219 Rph-Mir-219 Sko-Mir-219 Sma-Mir-219 Sne-Mir-219 Snu-Mir-219 Spu-Mir-219 Sro-Mir-219 Tca-Mir-219 Tur-Mir-219 War-Mir-219 Xbo-Mir-219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NW_022638164.1: 322376-322438 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCCGCCCCCGGGAUCUAAGCCGUCGCUUCUGAUUGUCCAAACGCAAUUCUCGCUGCGCCAGUCCCCUGUGAGAAUUGUGGGUGGACAUCGGUAGCUGCGUCUCCGCCUCGUCUCCUCCACCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCCGCCCCCGGGAUCUA--| C C U U AA CUGCGCC AG CGU GCU CUGAU GUCCA CGCAAUUCUCG A UC GCG CGA GGCUA CAGGU GUGUUAAGAGU G ACCACCUCCUCUGCUCCGCC^ U U U - GG GUCCCCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | The MIR-219 family shows substantial variation of arm-usage and is currently, across all species, considered a co-mature. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pma-Mir-219-o1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAUUGUCCAAACGCAAUUCUCG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Co-mature sequence | Pma-Mir-219-o1_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AGAAUUGUGGGUGGACAUCGGU -63
Get sequence
|
