MirGeneDB ID | Rno-Mir-3580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3580 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-3580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | R. norvegicus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | R. norvegicus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chrX: 151295627-151295682 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3580) |
Mir-506-P24
chrX: 151252838-151252893 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P23 chrX: 151253328-151253384 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P22 chrX: 151260323-151260379 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P21 chrX: 151260712-151260770 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P19 chrX: 151272114-151272171 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P25 chrX: 151272836-151272891 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P18 chrX: 151274374-151274430 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P17 chrX: 151276038-151276097 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P16 chrX: 151281998-151282055 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P15 chrX: 151283471-151283527 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P14 chrX: 151283920-151283976 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P13 chrX: 151287797-151287853 [-] UCSC Ensembl Mir-3580 chrX: 151295627-151295682 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P11 chrX: 151297377-151297433 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCUCAUUAAUGUAAUAGUGUGCUAUGCCCUGCUUGUACUUAUUCUGGUGACAUGAGGUAUCUGUGACUAGGGUAGUAUGAGUAGAGUAAAGUUCACCAAAUUCUUCAUUUGAUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCCUCAUUAAUGUAAUA--| U A C UG U G UGAG GUG GCU UGC CUGCU UACU AUUCUGGU ACA \ CAC UGA AUG GAUGA AUGA UGGGAUCA UGU G ACUAGUUUACUUCUUAAAC^ U A A GU - G CUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Rno-Mir-3580_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0017868 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCUUGUACUUAUUCUGGUGACA -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-3580-5p miRDB: MIMAT0017868 |
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Mature sequence | Rno-Mir-3580_3p |
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mirBase accession | MIMAT0017869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UGACUAGGGUAGUAUGAGUAGA -56
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-3580-3p miRDB: MIMAT0017869 |