MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Rph-Mir-375-P17a

Family name MIR-375 (all species)
Seed UUGUUCA
Species Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum)
MiRBase ID
Paralogues Rph-Mir-375-P17b  Rph-Mir-375-P17c  Rph-Mir-375-P17d  Rph-Mir-375-P18  Rph-Mir-375-P19a  Rph-Mir-375-P19b 
Orthologues Aae-Mir-375  Aca-Mir-375  Aga-Mir-375  Agr-Mir-375  Ami-Mir-375  Asu-Mir-375  Bfl-Mir-375  Bge-Mir-375  Bko-Mir-375  Bla-Mir-375  Bpl-Mir-375  Bta-Mir-375  Cbr-Mir-375  Cel-Mir-375  Cfa-Mir-375  Cin-Mir-375  Cja-Mir-375  Cli-Mir-375  Cpi-Mir-375  Cpo-Mir-375  Dan-Mir-375  Dgr-Mir-375  Dlo-Mir-375  Dma-Mir-375  Dme-Mir-375  Dmo-Mir-375  Dno-Mir-375  Dpu-Mir-375  Dsi-Mir-375  Dya-Mir-375  Eba-Mir-375  Ebu-Mir-375  Eca-Mir-375  Efe-Mir-375  Esc-Mir-375  Ete-Mir-375  Gga-Mir-375  Gja-Mir-375  Gpa-Mir-375  Hme-Mir-375  Hru-Mir-375  Hsa-Mir-375  Isc-Mir-375  Laf-Mir-375  Lan-Mir-375  Lch-Mir-375  Lgi-Mir-375  Lhy-Mir-375  Llo-Mir-375  Loc-Mir-375  Mdo-Mir-375  Mml-Mir-375  Mmr-Mir-375  Mmu-Mir-375  Mom-Mir-375  Neu-Mir-375  Npo-Mir-375  Oan-Mir-375  Obi-Mir-375  Ocu-Mir-375  Ofu-Mir-375  Ovu-Mir-375  Pab-Mir-375  Pau-Mir-375  Pbv-Mir-375  Pca-Mir-375  Pcr-Mir-375  Pdu-Mir-375  Pfl-Mir-375  Pmi-Mir-375  Pve-Mir-375  Rno-Mir-375  Sha-Mir-375  Sko-Mir-375  Sne-Mir-375  Snu-Mir-375  Spt-Mir-375  Spu-Mir-375  Sto-Mir-375  Tca-Mir-375  Tgu-Mir-375  Tur-Mir-375  War-Mir-375  Xtr-Mir-375 
Node of Origin (locus) R. philippinarum
Node of Origin (family) Nephrozoa
Genome context
(Ruditapes_GCA_009026015)		 CM018532.1: 7264639-7264697 [+] Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
UGGUAUAUAUGGAGAAUAUAUUGUCAAAUGACGCUUGCCAUUUGUAACAAGGCGUAUUAAAUCCAGUUUUGUUCAUUCGGCUCGCGUUAUCACAACAAACAUGUCUACUAUCAUACGGA
Get precursor sequence
Structure
        10        20          30        40        50         
UGGUAUAUAUGGAGAAUAUA-    CAA-|      UU   AUU  U        GUAUU 
                     UUGU    AUGACGC  GCC   UG AACAAGGC     A
                     AACA    UAUUGCG  CGG   AC UUGUUUUG     A
AGGCAUACUAUCAUCUGUACA    ACAC^      CU   CUU  -        ACCUA 
       110       100        90        80         70        60
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsCNNC at 3p(+17)
Tissue expression
-   +
Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru Ru
Star sequence

Rph-Mir-375-P17a_5p* (predicted)
mirBase accessionNone
Sequence 
0- ACGCUUGCCAUUUGUAACAAGGC -23
Get sequence
Mature sequence

Rph-Mir-375-P17a_3p
mirBase accessionNone
Sequence 
37- UUUGUUCAUUCGGCUCGCGUUA -59
Get sequence