MirGeneDB ID | Sko-Mir-2008-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2008 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGCCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sko-mir-2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sko-Mir-2008-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Pfl-Mir-2008 Pmi-Mir-2008 Spu-Mir-2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Ambulacraria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Ambulacraria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Skow_1.1) |
NW_003125393.1: 116441-116501 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2008-v1) |
Mir-2008-v1
NW_003125393.1: 116441-116501 [-]
Mir-2008-v2 NW_003125393.1: 116442-116500 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCACGUGUUCUGCUUCUUCAUCUUUUACUCCGUAUUAACACUGAGGUUGAUGUUCGCAGUAACUAACCAUCAGCCUCGCUGUCAAUACGGCGUAACUGAUGGUAGUCAUCACGCAGACCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCACGUGUUCUGCUUCU--| UU U A C UUCGCAG UCAUC UUAC CCGUAUU ACA UGAGGUUGAUG \ GGUAG AAUG GGCAUAA UGU GCUCCGACUAC U UACCAGACGCACUACUGAU^ UC C C C CAAUCAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Sko-Mir-2008-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGUAUUAACACUGAGGUUGAUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Sko-Mir-2008-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009738 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UCAGCCUCGCUGUCAAUACGGC -61
Get sequence
|