MirGeneDB ID | Sko-Mir-2008-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2008 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCAGCCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sko-mir-2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sko-Mir-2008-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Pfl-Mir-2008 Pmi-Mir-2008 Spu-Mir-2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Ambulacraria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Ambulacraria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Skow_1.1) |
NW_003125393.1: 116442-116500 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2008-v2) |
Mir-2008-v1
NW_003125393.1: 116441-116501 [-]
Mir-2008-v2 NW_003125393.1: 116442-116500 [-] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CACGUGUUCUGCUUCUUCAUCUUUUACUCCGUAUUAACACUGAGGUUGAUGUUCGCAGUAACUAACCAUCAGCCUCGCUGUCAAUACGGCGUAACUGAUGGUAGUCAUCACGCAGACCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CACGUGUUCUGCUUCUU--| UU U A C UUCGCAG CAUC UUAC CCGUAUU ACA UGAGGUUGAUG \ GUAG AAUG GGCAUAA UGU GCUCCGACUAC U ACCAGACGCACUACUGAUG^ UC C C C CAAUCAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sko-Mir-2008-v2_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAUUAACACUGAGGUUGAUGU -22
Get sequence
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Mature sequence | Sko-Mir-2008-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009738 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUCAGCCUCGCUGUCAAUACGG -59
Get sequence
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