| MirGeneDB ID | Sko-Mir-4818-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4818 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-4818g | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sko-Mir-4818-P1 Sko-Mir-4818-P2 Sko-Mir-4818-P4 Sko-Mir-4818-P5 Sko-Mir-4818-P6 Sko-Mir-4818-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Pfl-Mir-4818-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003137342.1: 64550-64608 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4818-P3) |
Mir-4818-P6
NW_003137342.1: 63315-63374 [-]
Mir-4818-P5 NW_003137342.1: 63417-63475 [-] Mir-4818-P4 NW_003137342.1: 64360-64419 [-] Mir-4818-P3 NW_003137342.1: 64550-64608 [-] Mir-4818-P2 NW_003137342.1: 64676-64736 [-] Mir-4818-P1 NW_003137342.1: 65108-65168 [-] Mir-4818-P7 NW_003137342.1: 65488-65546 [-] |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUAGCAGAAUGGUUUCUGUUUAGUUUGGAUCUCCAUUAUUGUAUGCUAUUAGUGAUGAUACUGGUCUAAUUGCACGCAAUAGUGGGGUUCUUAACAAAUACCCAUCCUGCCUGCCACCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUAGCAGAAUGGUUUCU---| A U U UA U UGAUGA GUUU GUU GGA CUCCAUUAUUG UGC AUUAG \ UAAA CAA UCU GGGGUGAUAAC ACG UAAUC U CCCACCGUCCGUCCUACCCA^ - U U GC U UGGUCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sko-Mir-4818-P3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCCAUUAUUGUAUGCUAUUAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Sko-Mir-4818-P3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0020018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAUUGCACGCAAUAGUGGGGUU -59
Get sequence
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