MirGeneDB ID | Sko-Mir-4818-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-4818 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sko-mir-4818c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sko-Mir-4818-P1 Sko-Mir-4818-P2 Sko-Mir-4818-P3 Sko-Mir-4818-P4 Sko-Mir-4818-P5 Sko-Mir-4818-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. kowalevskii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Skow_1.1) |
NW_003137342.1: 65488-65546 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4818-P7) |
Mir-4818-P6
NW_003137342.1: 63315-63374 [-]
Mir-4818-P5 NW_003137342.1: 63417-63475 [-] Mir-4818-P4 NW_003137342.1: 64360-64419 [-] Mir-4818-P3 NW_003137342.1: 64550-64608 [-] Mir-4818-P2 NW_003137342.1: 64676-64736 [-] Mir-4818-P1 NW_003137342.1: 65108-65168 [-] Mir-4818-P7 NW_003137342.1: 65488-65546 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUUGGUGCAAGAAAAUCUGUUGUGUGGAACGCCACUGGAUUGCGCAAUUAGUUAAGUAAUUGAUCUAAUUGCACUUUACAGUGGUGUUCUAAUCUCCAGCCUAUCAUCGUAAAGUUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUUUGGUGCAAGAAAAUCU UG---| GAUUGC UUAAGU GUUG UGGAACGCCACUG GCAAUUAG \ CGAC AUCUUGUGGUGAC CGUUAAUC A UUUUGAAAUGCUACUAUC- CUCUA^ AUUUCA UAGUUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Sko-Mir-4818-P7_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGCCACUGGAUUGCGCAAUUAG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Sko-Mir-4818-P7_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0020012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AAUUGCACUUUACAGUGGUGUU -59
Get sequence
|