| MirGeneDB ID | Sma-Mir-10-P3o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCCUGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Blood fluke (Schistosoma mansoni) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sma-mir-125c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sma-Mir-10-P1 Sma-Mir-10-P3o4 Sma-Mir-10-P3o5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P3 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P3 Agr-Mir-10-P3 Asp-Mir-10 Asu-Mir-10-P3 Bfl-Mir-10-P3 Bge-Mir-10-P3 Bko-Mir-10-P3 Bla-Mir-10-P3 Bpl-Mir-10-P3 Cin-Mir-10-P3 Cte-Mir-10-P3 Dan-Mir-10-P3 Dlo-Mir-10-P3 Dma-Mir-10-P3 Dme-Mir-10-P3 Dmo-Mir-10-P3 Dpu-Mir-10-P3 Dsi-Mir-10-P3 Dya-Mir-10-P3 Eba-Mir-10-P3 Egr-Mir-10-P3 Esc-Mir-10-P3 Gpa-Mir-10-P3 Gsa-Mir-10-P3 Gsp-Mir-10-P3 Hru-Mir-10-P3 Isc-Mir-10-P3 Lan-Mir-10-P3 Lgi-Mir-10-P3 Lhy-Mir-10-P3 Llo-Mir-10-P3 Lpo-Mir-10-P3o Mgi-Mir-10-P3 Mom-Mir-10-P3 Nag-Mir-10-P3-v1 Nag-Mir-10-P3-v2 Nve-Mir-10 Obi-Mir-10-P3 Ofu-Mir-10-P3 Ovu-Mir-10-P3 Pau-Mir-10-P3 Pca-Mir-10-P3 Pcr-Mir-10-P3 Pdu-Mir-10-P3 Ple-Mir-10-P3 Pmi-Mir-10-P3 Pve-Mir-10-P3 Rph-Mir-10-P3 Sko-Mir-10-P3 Snu-Mir-10-P3 Spu-Mir-10-P3 Tca-Mir-10-P3 War-Mir-10-P3 Xbo-Mir-10-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. mansoni | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000237925.5_SM_V9_genomic) |
HE601624.3: 52771706-52771788 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUUCAACUUGCGUUGCAUUGUAUUCCGUAUCCCUGAGACCUUAGAGUUGUCCUGUUUUGAAUUAUUUUCGAUUAUUAUAAAAAAGAUUGACACCUCUACGGUAUCAGGUCACGGAAUAAUGCUAAACAACAUUUUAUUGUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 AAUUCAACUUGCGUUGCAUUG---| AUC G U U CUGUUUUGAAUUAUUUUC UAUUCCGU CCUGA ACC UAGAG UGUC \ AUAAGGCA GGACU UGG AUCUC ACAG G UAUGUUAUUUUACAACAAAUCGUA^ CU- A C C UUAGAAAAAAUAUUAUUA 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sma-Mir-10-P3o3_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0033510 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCCUGAGACCUUAGAGUUGUC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sma-Mir-10-P3o3_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0033511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
61- CACCUCUACGGUAUCAGGUCAC -83
Get sequence
|
