MirGeneDB ID | Cel-Mir-9-P16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-244 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cel-Mir-9-P14 Cel-Mir-9-P15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cbr-Mir-9-P16 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrI: 4684336-4684399 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUUUAAUUUUUUCCCUCCAUAUCUCAAUCUCUUUGGUUGUACAAAGUGGUAUGGCUCAUCGAAUAAGCACAUACUGCUUUUCAGCUAAAGGAAUUGAGAUUUUGUAGGCUUUUUCAUUUUUACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUUUAAUUUUUUCCCUC- U-| CU UAC UG GCUCAUC CA AUCUCAAU CUUUGGUUG AAAG GUAUG G GU UAGAGUUA GAAAUCGAC UUUC CAUAC A CAUUUUUACUUUUUCGGAU UU^ AG U-- GU ACGAAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cel-Mir-9-P16_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000300 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUUUGGUUGUACAAAGUGGUAUG -24
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000300 TargetScanWorm: cel-miR-244 |
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Star sequence | Cel-Mir-9-P16_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0015118 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UACUGCUUUUCAGCUAAAGGAA -64
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0015118 |