MirGeneDB ID | Cel-Mir-9-P15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cel-Mir-9-P14 Cel-Mir-9-P16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cbr-Mir-9-P15 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrI: 9332964-9333027 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P15) |
Mir-9-P15
chrI: 9332964-9333027 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-o3 chrI: 9372783-9372846 [-] UCSC Ensembl Mir-71 chrI: 9379947-9380005 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUAAGUUGAAAUUAGUAGACAUUCUCCGAUCUUUGGUGAUUCAGCUUCAAUGAUUGGCUACAGGUUUCUUUCAUAAAGCUAGGUUACCAAAGCUCGGCGUCUUGAUCUACAGUUCUUUUUUUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUAAGUUGAAAUUAGUA------| AUUCU U UC CA UUGGCUAC GAC CCGA CUUUGGUGAU AGCUU AUGA \ CUG GGCU GAAACCAUUG UCGAA UACU A UUUUUUUUUCUUGACAUCUAGUU^ C---- C GA A- UUCUUUGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Mir-9-P15_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0020322 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUUUGGUGAUUCAGCUUCAAUGA -23
Get sequence
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Mature sequence | Cel-Mir-9-P15_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000051 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- AUAAAGCUAGGUUACCAAAGCU -64
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000051 TargetScanWorm: cel-miR-79 |