MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Pdu-Mir-9

Family name MIR-9 (all species)
Seed CUUUGGU
Species Dumerils clam worm (Platynereis dumerilii)
MiRBase ID
Paralogues
Orthologues Aae-Mir-9-P10a  Aae-Mir-9-P10b  Aae-Mir-9-P11  Aae-Mir-9-P12-v1  Aae-Mir-9-P12-v2  Aae-Mir-9-P13  Aca-Mir-9-P1  Aca-Mir-9-P2  Aca-Mir-9-P4  Aga-Mir-9-P10  Aga-Mir-9-P11  Aga-Mir-9-P12  Aga-Mir-9-P13  Agr-Mir-9  Ami-Mir-9-P1  Ami-Mir-9-P2  Ami-Mir-9-P3  Ami-Mir-9-P4  Asu-Mir-9-o17  Asu-Mir-9-o18  Ava-Mir-9-P33  Ava-Mir-9-P34  Bfl-Mir-9  Bge-Mir-9-P10  Bge-Mir-9-P11  Bge-Mir-9-P12-v1  Bge-Mir-9-P12-v2  Bge-Mir-9-P13  Bko-Mir-9  Bla-Mir-9  Bpl-Mir-9  Bta-Mir-9-P1  Bta-Mir-9-P2  Bta-Mir-9-P3  Cbr-Mir-9-P14  Cbr-Mir-9-P15  Cbr-Mir-9-P16  Cel-Mir-9-P14  Cel-Mir-9-P15  Cel-Mir-9-P16  Cfa-Mir-9-P1  Cfa-Mir-9-P2  Cfa-Mir-9-P3  Cin-Mir-9  Cja-Mir-9-P1  Cja-Mir-9-P2  Cja-Mir-9-P3  Cli-Mir-9-P2  Cli-Mir-9-P3  Cli-Mir-9-P4  Cmi-Mir-9-P1  Cmi-Mir-9-P2  Cmi-Mir-9-P4  Cpi-Mir-9-P1  Cpi-Mir-9-P2  Cpi-Mir-9-P3  Cpi-Mir-9-P4  Cpo-Mir-9-P1  Cpo-Mir-9-P2  Cpo-Mir-9-P3  Csc-Mir-9-P26  Csc-Mir-9-P27  Cte-Mir-9  Dan-Mir-9-P9  Dan-Mir-9-P10  Dan-Mir-9-P11  Dan-Mir-9-P12-v1  Dan-Mir-9-P12-v2  Dan-Mir-9-P13  Dgr-Mir-9  Dlo-Mir-9-P9  Dlo-Mir-9-P10  Dlo-Mir-9-P12-v1  Dlo-Mir-9-P12-v2  Dlo-Mir-9-P13  Dma-Mir-9-P9  Dma-Mir-9-P10  Dme-Mir-9-P9  Dme-Mir-9-P10  Dme-Mir-9-P11  Dme-Mir-9-P12-v1  Dme-Mir-9-P12-v2  Dme-Mir-9-P13  Dmo-Mir-9-P9  Dmo-Mir-9-P10  Dmo-Mir-9-P11  Dmo-Mir-9-P12-v1  Dmo-Mir-9-P12-v2  Dmo-Mir-9-P13  Dno-Mir-9-P1  Dno-Mir-9-P2  Dno-Mir-9-P3  Dpu-Mir-9-P9  Dpu-Mir-9-P10  Dre-Mir-9-P1a  Dre-Mir-9-P1b  Dre-Mir-9-P2a  Dre-Mir-9-P2b  Dre-Mir-9-P3a  Dre-Mir-9-P4a  Dre-Mir-9-P4b  Dsi-Mir-9-P9  Dsi-Mir-9-P10  Dsi-Mir-9-P11  Dsi-Mir-9-P12-v1  Dsi-Mir-9-P12-v2  Dsi-Mir-9-P13  Dya-Mir-9-P9  Dya-Mir-9-P10  Dya-Mir-9-P11  Dya-Mir-9-P12-v1  Dya-Mir-9-P12-v2  Dya-Mir-9-P13  Eba-Mir-9  Ebu-Mir-9-P5  Ebu-Mir-9-P6  Ebu-Mir-9-P7  Ebu-Mir-9-P8  Eca-Mir-9-P1  Eca-Mir-9-P2  Eca-Mir-9-P3  Efe-Mir-9-P20  Efe-Mir-9-P21  Egr-Mir-9  Esc-Mir-9  Ete-Mir-9-P1  Ete-Mir-9-P2  Ete-Mir-9-P3  Gga-Mir-9-P1  Gga-Mir-9-P2  Gga-Mir-9-P3  Gga-Mir-9-P4  Gja-Mir-9-P1  Gja-Mir-9-P2  Gja-Mir-9-P3  Gja-Mir-9-P4  Gmo-Mir-9-P1a  Gmo-Mir-9-P1b  Gmo-Mir-9-P2b  Gmo-Mir-9-P3a  Gmo-Mir-9-P3b  Gmo-Mir-9-P4a  Gmo-Mir-9-P4b  Gpa-Mir-9-P10  Gpa-Mir-9-P11  Gpa-Mir-9-P12-v1  Gpa-Mir-9-P12-v2  Gpa-Mir-9-P13  Gsa-Mir-9  Gsp-Mir-9  Hme-Mir-9-P9  Hme-Mir-9-P10  Hme-Mir-9-P11  Hme-Mir-9-P12  Hmi-Mir-9  Hru-Mir-9  Hsa-Mir-9-P1  Hsa-Mir-9-P2  Hsa-Mir-9-P3  Isc-Mir-9  Laf-Mir-9-P1  Laf-Mir-9-P2  Laf-Mir-9-P3  Lan-Mir-9  Lch-Mir-9-P1  Lch-Mir-9-P2  Lch-Mir-9-P3  Lch-Mir-9-P4  Lgi-Mir-9  Llo-Mir-9  Loc-Mir-9-P1  Loc-Mir-9-P2  Loc-Mir-9-P3  Lpo-Mir-9-P22  Lpo-Mir-9-P23  Lpo-Mir-9-P24  Lpo-Mir-9-P25  Mal-Mir-9-P1a  Mal-Mir-9-P1b  Mal-Mir-9-P2b  Mal-Mir-9-P3a  Mal-Mir-9-P3b  Mal-Mir-9-P4a  Mal-Mir-9-P4b  Mdo-Mir-9-P1  Mdo-Mir-9-P2  Mdo-Mir-9-P3  Mdo-Mir-9-P4  Mgi-Mir-9-P17  Mgi-Mir-9-P18  Mgi-Mir-9-P19  Mml-Mir-9-P1  Mml-Mir-9-P2  Mml-Mir-9-P3  Mmr-Mir-9-P1  Mmr-Mir-9-P2  Mmr-Mir-9-P3  Mmu-Mir-9-P1  Mmu-Mir-9-P2  Mmu-Mir-9-P3  Mom-Mir-9  Mun-Mir-9-P1  Mun-Mir-9-P2  Mun-Mir-9-P3  Mun-Mir-9-P4  Neu-Mir-9-P2  Neu-Mir-9-P3  Neu-Mir-9-P4  Npo-Mir-9  Oan-Mir-9-P1  Oan-Mir-9-P2  Oan-Mir-9-P3-v1  Oan-Mir-9-P3-v2  Oan-Mir-9-P4  Obi-Mir-9  Ocu-Mir-9-P1  Ocu-Mir-9-P2  Ocu-Mir-9-P3  Ofu-Mir-9  Ovu-Mir-9  Pab-Mir-9-P1  Pab-Mir-9-P2  Pab-Mir-9-P3  Pau-Mir-9  Pbv-Mir-9-P1  Pbv-Mir-9-P2  Pbv-Mir-9-P3  Pbv-Mir-9-P4  Pca-Mir-9-P31  Pca-Mir-9-P32  Pcr-Mir-9-P37  Pcr-Mir-9-P38  Pfl-Mir-9-v1  Pfl-Mir-9-v2  Pma-Mir-9-o1  Pma-Mir-9-o2  Pma-Mir-9-o3  Pma-Mir-9-o4  Pma-Mir-9-o5  Pmi-Mir-9  Pve-Mir-9  Rno-Mir-9-P1  Rno-Mir-9-P2  Rno-Mir-9-P3  Rph-Mir-9  Sha-Mir-9-P1  Sha-Mir-9-P2  Sha-Mir-9-P3  Sha-Mir-9-P4  Sko-Mir-9-v1  Sko-Mir-9-v2  Sma-Mir-9  Sme-Mir-9-P28  Sme-Mir-9-P29  Sme-Mir-9-P30  Snu-Mir-9  Spt-Mir-9-P1  Spt-Mir-9-P2  Spt-Mir-9-P3  Spt-Mir-9-P4  Spu-Mir-9  Sro-Mir-9-P35a  Sro-Mir-9-P35b  Sro-Mir-9-P36  Sto-Mir-9-P1  Sto-Mir-9-P2  Sto-Mir-9-P4  Tca-Mir-9-P9a  Tca-Mir-9-P9b-v1  Tca-Mir-9-P9b-v2  Tca-Mir-9-P9c-v1  Tca-Mir-9-P9c-v2  Tca-Mir-9-P10  Tca-Mir-9-P12  Tgu-Mir-9-P1  Tgu-Mir-9-P2  Tgu-Mir-9-P3  Tgu-Mir-9-P4  Tni-Mir-9-P1a  Tni-Mir-9-P1b  Tni-Mir-9-P2b  Tni-Mir-9-P3a  Tni-Mir-9-P3b  Tni-Mir-9-P4a  Tni-Mir-9-P4b  Tur-Mir-9-P39a  Tur-Mir-9-P39b  War-Mir-9  Xbo-Mir-9  Xla-Mir-9-P1c  Xla-Mir-9-P1d  Xla-Mir-9-P2c  Xla-Mir-9-P2d  Xla-Mir-9-P3c  Xla-Mir-9-P3d  Xla-Mir-9-P4c  Xla-Mir-9-P4d  Xtr-Mir-9-P1  Xtr-Mir-9-P2  Xtr-Mir-9-P3  Xtr-Mir-9-P4 
Node of Origin (locus) Bilateria
Node of Origin (family) Bilateria
Genome context
(GCA_026936325.1_EMBL_pdum_1.0)		 JAPTHN010000001.1: 38229932-38229992 [+] Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
CUCCUAGAUUAUCGGCAGGCUCCGAUUUUUUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUGAAGAUAUACUUCAUAAAGCUAGGUUACCAAAGCUAAAACAGGAGUCUUGAGACCUCAAAAUUUAU
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50          
CUCCUAGAUUAUCGGCA--|     GA    UU       U        G     GUGAAG 
                   GGCUCC  UUUU  CUUUGGU AUCUAGCU UAUGA      \
                   CUGAGG  AAAA  GAAACCA UGGAUCGA AUACU      A
UAUUUAAAACUCCAGAGUU^     AC    UC       U        A     UCAUAU 
 .       110       100        90        80        70
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsCNNC at 3p(+17), UGUG in loop
Tissue expression
-   +
24 24 24 24 24 36 36 36 36 36 48 48 48 48 48 6d 6d 6d 6d 72 72 72 72 72
Mature sequence

Pdu-Mir-9_5p
mirBase accessionNone
Sequence 
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
Star sequence

Pdu-Mir-9_3p*
mirBase accessionNone
Sequence 
38- AUAAAGCUAGGUUACCAAAGCUA -61
Get sequence