MirGeneDB ID | Cfa-Mir-9-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-9-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-9-P1 Cfa-Mir-9-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-9-P2 Ami-Mir-9-P2 Bfl-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Bta-Mir-9-P2 Cin-Mir-9 Cli-Mir-9-P2 Cmi-Mir-9-P2 Cpi-Mir-9-P2 Cpo-Mir-9-P2 Cte-Mir-9 Dno-Mir-9-P2 Dre-Mir-9-P2a Dre-Mir-9-P2b Esc-Mir-9 Ete-Mir-9-P2 Gga-Mir-9-P2 Gja-Mir-9-P2 Gmo-Mir-9-P2b Hme-Mir-9-o2 Hsa-Mir-9-P2 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lch-Mir-9-P2 Lgi-Mir-9 Loc-Mir-9-P2 Mal-Mir-9-P2b Mdo-Mir-9-P2 Mml-Mir-9-P2 Mmu-Mir-9-P2 Mun-Mir-9-P2 Npo-Mir-9 Oan-Mir-9-P2 Obi-Mir-9 Ocu-Mir-9-P2 Ovu-Mir-9 Pbv-Mir-9-P2 Pma-Mir-9-o2 Pmi-Mir-9 Rno-Mir-9-P2 Sha-Mir-9-P2 Spt-Mir-9-P2 Spu-Mir-9 Sto-Mir-9-P2 Tgu-Mir-9-P2 Tni-Mir-9-P2b Xbo-Mir-9 Xla-Mir-9-P2c Xla-Mir-9-P2d Xtr-Mir-9-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr3: 19997697-19997756 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACAGAGGCGUGUGAGGGAAGUGAGUUGUUAUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUGUAUUGGUCUUCAUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUAAAAACUCCUUCAAGAUCGCCGGGGAGCAUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACAGAGGCGUGUGAGGG---| U G UC G GUGUA AAG GAGUU UUA UUUGGUUAUCUAGCU UAUGA U UUC CUCAA AAU AAGCCAAUAGAUCGA AUACU U GUACGAGGGGCCGCUAGAAC^ - A GA A UCUGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-9-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006674 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-9 miRDB: MIMAT0006674 |
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Star sequence | Cfa-Mir-9-P2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUA -60
Get sequence
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