| MirGeneDB ID | Xla-Mir-9-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-9-P1c Xla-Mir-9-P1d Xla-Mir-9-P2c Xla-Mir-9-P3c Xla-Mir-9-P3d Xla-Mir-9-P4c Xla-Mir-9-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-9-P2 Agr-Mir-9 Ami-Mir-9-P2 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Bta-Mir-9-P2 Cfa-Mir-9-P2 Cin-Mir-9 Cja-Mir-9-P2 Cli-Mir-9-P2 Cmi-Mir-9-P2 Cpi-Mir-9-P2 Cpo-Mir-9-P2 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Dno-Mir-9-P2 Eba-Mir-9 Eca-Mir-9-P2 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Ete-Mir-9-P2 Gga-Mir-9-P2 Gja-Mir-9-P2 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Hsa-Mir-9-P2 Isc-Mir-9 Laf-Mir-9-P2 Lan-Mir-9 Lch-Mir-9-P2 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Loc-Mir-9-P2 Mdo-Mir-9-P2 Mml-Mir-9-P2 Mmr-Mir-9-P2 Mmu-Mir-9-P2 Mom-Mir-9 Mun-Mir-9-P2 Neu-Mir-9-P2 Npo-Mir-9 Oan-Mir-9-P2 Obi-Mir-9 Ocu-Mir-9-P2 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pab-Mir-9-P2 Pau-Mir-9 Pbv-Mir-9-P2 Pdu-Mir-9 Pma-Mir-9-o2 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rno-Mir-9-P2 Rph-Mir-9 Sha-Mir-9-P2 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spt-Mir-9-P2 Spu-Mir-9 Sto-Mir-9-P2 Tgu-Mir-9-P2 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 Xtr-Mir-9-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030725.1: 151615023-151615081 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUGUGUGUGUGUGUGGGAAGUGGUUGUUAUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUAUACUGGUUUCAUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUAAAAACUCCUUCCAGAUCGUCAUCUAAGGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGUGUGUGUGUGUGUGG--| UG G UC G GUAUA GAAG GUU UUA UUUGGUUAUCUAGCU UAUGA \ CUUC CAA AAU AAGCCAAUAGAUCGA AUACU C AAGGAAUCUACUGCUAGAC^ CU A GA A UUGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-9-P2d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Co-mature sequence | Xla-Mir-9-P2d_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUA -59
Get sequence
|
