MirGeneDB ID | Loc-Mir-9-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Loc-Mir-9-P1 Loc-Mir-9-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-9-P2 Agr-Mir-9 Ami-Mir-9-P2 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Bta-Mir-9-P2 Cfa-Mir-9-P2 Cin-Mir-9 Cja-Mir-9-P2 Cli-Mir-9-P2 Cmi-Mir-9-P2 Cpi-Mir-9-P2 Cpo-Mir-9-P2 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Dno-Mir-9-P2 Dre-Mir-9-P2a Dre-Mir-9-P2b Eba-Mir-9 Eca-Mir-9-P2 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Ete-Mir-9-P2 Gga-Mir-9-P2 Gja-Mir-9-P2 Gmo-Mir-9-P2b Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Hsa-Mir-9-P2 Isc-Mir-9 Laf-Mir-9-P2 Lan-Mir-9 Lch-Mir-9-P2 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mal-Mir-9-P2b Mdo-Mir-9-P2 Mml-Mir-9-P2 Mmr-Mir-9-P2 Mmu-Mir-9-P2 Mom-Mir-9 Mun-Mir-9-P2 Neu-Mir-9-P2 Npo-Mir-9 Oan-Mir-9-P2 Obi-Mir-9 Ocu-Mir-9-P2 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pab-Mir-9-P2 Pau-Mir-9 Pbv-Mir-9-P2 Pdu-Mir-9 Pma-Mir-9-o2 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rno-Mir-9-P2 Rph-Mir-9 Sha-Mir-9-P2 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spt-Mir-9-P2 Spu-Mir-9 Sto-Mir-9-P2 Tgu-Mir-9-P2 Tni-Mir-9-P2b War-Mir-9 Xbo-Mir-9 Xla-Mir-9-P2c Xla-Mir-9-P2d Xtr-Mir-9-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (LepOcu1) |
LG2: 2941810-2941869 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCCGUUAAAGGAAGGGAAGUGGGUUGUUAUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUGUGUUGGUCUUCAUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUAAAAACUGCUUCCAGGAUCGUCGUGGACGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGCCGUUAAAGGAAGGG---| UG GUUG UC G GUGUG AAG G UUA UUUGGUUAUCUAGCU UAUGA U UUC C AAU AAGCCAAUAGAUCGA AUACU U UCGCAGGUGCUGCUAGGACC^ GU AAA- GA A UCUGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Loc-Mir-9-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Loc-Mir-9-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUA -60
Get sequence
|