MirGeneDB ID | Ebu-Mir-9-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ebu-Mir-9-P5 Ebu-Mir-9-P6 Ebu-Mir-9-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010532.1: 2409350-2409409 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACGGCGCAAGGGAGCUGAGCCGGCUGCUGUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGAGCUCUGGUCGUCAUAAAGCUAGAUAACCGAAGGUAGGAGCCUAGUUCUGCUGCAUCUCCACUGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GACGGCGCAAGGGAGCU- C-| G GU G GAGCU GAGC GGCU CU CUUUGGUUAUCUAGCU UAUGA C CUUG CCGA GA GAAGCCAAUAGAUCGA AUACU U AGGUCACCUCUACGUCGU AU^ G UG A GCUGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ebu-Mir-9-P7_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
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Star sequence | Ebu-Mir-9-P7_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUAAAGCUAGAUAACCGAAGGUA -60
Get sequence
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