MirGeneDB ID | Aae-Mir-9-P12-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Yellow fever mosquito (Aedes aegypti) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aae-mir-79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aae-Mir-9-P10a Aae-Mir-9-P10b Aae-Mir-9-P11 Aae-Mir-9-P12-v2 Aae-Mir-9-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aga-Mir-9-P12 Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bge-Mir-9-P12-v1 Bge-Mir-9-P12-v2 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dan-Mir-9-P12-v1 Dan-Mir-9-P12-v2 Dgr-Mir-9 Dlo-Mir-9-P12-v1 Dlo-Mir-9-P12-v2 Dme-Mir-9-P12-v1 Dme-Mir-9-P12-v2 Dmo-Mir-9-P12-v1 Dmo-Mir-9-P12-v2 Dsi-Mir-9-P12-v1 Dsi-Mir-9-P12-v2 Dya-Mir-9-P12-v1 Dya-Mir-9-P12-v2 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gpa-Mir-9-P12-v1 Gpa-Mir-9-P12-v2 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hme-Mir-9-P12 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 Tca-Mir-9-P12 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Aaeg_L3) |
supercont1.785: 213277-213338 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P12-v1) |
Mir-9-P11
supercont1.785: 186231-186302 [+]
Ensembl
Mir-306 supercont1.785: 213078-213173 [+] Ensembl Mir-9-P12-v1 supercont1.785: 213277-213338 [+] Ensembl Mir-9-P12-v2 supercont1.785: 213278-213337 [+] Ensembl Mir-9-P13 supercont1.785: 213584-213648 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGAAUGAGAAAACGGAACCCAUCGUCCAUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGAAUUUAAUAUUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUGGAAGGCUUGGGCGGUGUCGUCCCUCUAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGAAUGAGAAAACGGAA UCG--| CGC G AUAGAAU CCCA UCCAUGCUUUGG UUUAGCU UAUG U GGGU AGGUACGAAACC AGAUCGA AUAC U CAAUCUCCCUGCUGUGGC UCGGA^ AUU A UUUAUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Aae-Mir-9-P12-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0014294 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Aae-Mir-9-P12-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0014295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAAAGCUAGAUUACCAAAGCAU -62
Get sequence
|