MirGeneDB ID | Dan-Mir-9-P12-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dan-mir-79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dan-Mir-9-P9 Dan-Mir-9-P10 Dan-Mir-9-P11 Dan-Mir-9-P12-v1 Dan-Mir-9-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-9-P12-v1 Aae-Mir-9-P12-v2 Aga-Mir-9-P12 Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bge-Mir-9-P12-v1 Bge-Mir-9-P12-v2 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Dlo-Mir-9-P12-v1 Dlo-Mir-9-P12-v2 Dme-Mir-9-P12-v1 Dme-Mir-9-P12-v2 Dmo-Mir-9-P12-v1 Dmo-Mir-9-P12-v2 Dsi-Mir-9-P12-v1 Dsi-Mir-9-P12-v2 Dya-Mir-9-P12-v1 Dya-Mir-9-P12-v2 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gpa-Mir-9-P12-v1 Gpa-Mir-9-P12-v2 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hme-Mir-9-P12 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 Tca-Mir-9-P12 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_12916: 15864734-15864795 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P12-v2) |
Mir-9-P13
scaffold_12916: 15864555-15864614 [-]
Ensembl
Mir-9-P12-v1 scaffold_12916: 15864734-15864795 [-] Ensembl Mir-9-P12-v2 scaffold_12916: 15864734-15864795 [-] Ensembl Mir-306 scaffold_12916: 15864875-15864933 [-] Ensembl Mir-9-P11 scaffold_12916: 15865484-15865553 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUAUAGUGUUCUAUAGCUGCUUAACCGAUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGAUUUAAAUACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGCUUCCGCAGGCCUGUCUUCAAGGAAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUAUAGUGUUCUAUAG- UU -| CGC G UAGAUU CUGC AA CCGAUGCUUUGG UUUAGCU UAUGA U GACG UU GGUUACGAAACC AGAUCGA AUACU A AUAAGGAACUUCUGUCCG CC C^ AUU A UCAUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dan-Mir-9-P12-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dan-Mir-9-P12-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0008430 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAU -62
Get sequence
|