MirGeneDB ID | Dan-Mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-306 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dan-mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-306 Aga-Mir-306 Bge-Mir-306 Dlo-Mir-306 Dme-Mir-306 Dmo-Mir-306 Dsi-Mir-306 Dya-Mir-306 Gpa-Mir-306 Hme-Mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_12916: 15864875-15864933 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-306) |
Mir-9-P13
scaffold_12916: 15864555-15864614 [-]
Ensembl
Mir-9-P12-v1 scaffold_12916: 15864734-15864795 [-] Ensembl Mir-9-P12-v2 scaffold_12916: 15864734-15864795 [-] Ensembl Mir-306 scaffold_12916: 15864875-15864933 [-] Ensembl Mir-9-P11 scaffold_12916: 15865484-15865553 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUGAAAGUGCCAGAAGUCCACUUGGUAGCUCAGGUACUUAGUGACUCUCAAUGCAUUUGACAUUUUGGGAGCCACUUUGUGCCUGGGCCAUCAGUGCGACUAUAUCUUCUAUUAAAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGUGAAAGUGCCAGAAG-- -| U A UU A UGCAUU UC CACU GGU GCUCAGGUAC AGUG CUCUCAA \ AG GUGA CUA CGGGUCCGUG UCAC GAGGGUU U AAAAAUUAUCUUCUAUAUC C^ - C UU C UUACAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dan-Mir-306_5p |
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mirBase accession | MIMAT0008450 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAGGUACUUAGUGACUCUCAA -22
Get sequence
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Star sequence | Dan-Mir-306_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GGGAGCCACUUUGUGCCUGGGC -59
Get sequence
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