| MirGeneDB ID | Dme-Mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-306 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-306 Aga-Mir-306 Bge-Mir-306 Dan-Mir-306 Dlo-Mir-306 Dmo-Mir-306 Dsi-Mir-306 Dya-Mir-306 Gpa-Mir-306 Hme-Mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2L: 16698418-16698476 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-306) |
Mir-9-P11
2L: 16697936-16698005 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-306 2L: 16698418-16698476 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P12-v1 2L: 16698572-16698634 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P12-v2 2L: 16698572-16698634 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P13 2L: 16698758-16698820 [+] UCSC Ensembl Mir-1006 2L: 16724795-16724858 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUGAAUAGUUUAAAAGUCCACUCGAUGGCUCAGGUACUUAGUGACUCUCAAUGCUUUUGACAUUUUGGGGGUCACUCUGUGCCUGUGCUGCCAGUGGGACAUAAUCUACAAAUAAAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGUGAAUAGUUUAAAAG---| CGA U UU UGCUUU UCCACU UGGC CAGGUAC AGUGACUCUCAA \ GGGUGA GUCG GUCCGUG UCACUGGGGGUU U UGAAAUAAACAUCUAAUACA^ CC- U UC UUACAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dme-Mir-306_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGGUACUUAGUGACUCUCAA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000393 TargetScanFly: dme-miR-306 |
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| Star sequence | Dme-Mir-306_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0000394 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GGGGGUCACUCUGUGCCUGUGC -59
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000394 |
