MirGeneDB ID | Aae-Mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-306 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Yellow fever mosquito (Aedes aegypti) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aae-mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aga-Mir-306 Bge-Mir-306 Dan-Mir-306 Dlo-Mir-306 Dme-Mir-306 Dmo-Mir-306 Dsi-Mir-306 Dya-Mir-306 Gpa-Mir-306 Hme-Mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Aaeg_L3) |
supercont1.785: 213078-213173 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-306) |
Mir-9-P11
supercont1.785: 186231-186302 [+]
Ensembl
Mir-306 supercont1.785: 213078-213173 [+] Ensembl Mir-9-P12-v1 supercont1.785: 213277-213338 [+] Ensembl Mir-9-P12-v2 supercont1.785: 213278-213337 [+] Ensembl Mir-9-P13 supercont1.785: 213584-213648 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCCAACAGAACAUUCGCAAUUUCACCGGUUCAGGUACUGAGUGACUCUCAGAUGUGCAUUUCUCAAGCAAUCUCGUCCUCAGGACCUGAGGUUGAAAAACCCUGAGAGCACCUCGGUAUCUAAGCCAGUGUUGCGAAAAUGCCAACAUCAGAGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 70 ACCCAACAGAACAUUCGCAAUUU-- C C -| A AUGUGCAUUUCUCAAGCAAUCUCG CAC GGUU AGGUACUGA GUG CUCUCAG U GUG CCGA UCUAUGGCU CAC GAGAGUC C GUGAGACUACAACCGUAAAAGCGUU A A C^ - CCAAAAAGUUGGAGUCCAGGACUC 150 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There are Dicer cuts -1 and -2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aae-Mir-306_5p |
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mirBase accession | MIMAT0014229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAGGUACUGAGUGACUCUCAG -22
Get sequence
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Star sequence | Aae-Mir-306_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0014230 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
74- GAGAGCACCUCGGUAUCUAAGC -96
Get sequence
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