MirGeneDB ID | Aga-Mir-9-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aga-mir-79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aga-Mir-9-P10 Aga-Mir-9-P11 Aga-Mir-9-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-9-P12-v1 Aae-Mir-9-P12-v2 Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bge-Mir-9-P12-v1 Bge-Mir-9-P12-v2 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dan-Mir-9-P12-v1 Dan-Mir-9-P12-v2 Dgr-Mir-9 Dlo-Mir-9-P12-v1 Dlo-Mir-9-P12-v2 Dme-Mir-9-P12-v1 Dme-Mir-9-P12-v2 Dmo-Mir-9-P12-v1 Dmo-Mir-9-P12-v2 Dsi-Mir-9-P12-v1 Dsi-Mir-9-P12-v2 Dya-Mir-9-P12-v1 Dya-Mir-9-P12-v2 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gpa-Mir-9-P12-v1 Gpa-Mir-9-P12-v2 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hme-Mir-9-P12 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 Tca-Mir-9-P12 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064602.1: 5875198-5875261 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P12) |
Mir-9-P13
NC_064602.1: 5874685-5874750 [-]
Ensembl
Mir-9-P12 NC_064602.1: 5875198-5875261 [-] Ensembl Mir-306 NC_064602.1: 5875483-5875544 [-] Ensembl Mir-9-P11 NC_064602.1: 5878052-5878119 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAAUUACUACGAGAACGCCCUUUUGUCCGCGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGAAUUUGAGCUAUUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUAGACGAAUUGGGACAAUGCUACCUAAUAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GAAUUACUACGAGAACG- U-| CGC CGC G AUAGAAUU CCC UUUGUC GCUUUGG UUUAGCU UAUG U GGG AAGCAG CGAAACC AGAUCGA AUAC G AAAUAAUCCAUCGUAACA UU^ AUA AUU A UUUAUCGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Aga-Mir-9-P12_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Aga-Mir-9-P12_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0001524 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UAAAGCUAGAUUACCAAAGCAU -64
Get sequence
|