| MirGeneDB ID | Pab-Mir-9-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-9-P2 Pab-Mir-9-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-9-P1 Agr-Mir-9 Ami-Mir-9-P1 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Bta-Mir-9-P1 Cfa-Mir-9-P1 Cin-Mir-9 Cja-Mir-9-P1 Cmi-Mir-9-P1 Cpi-Mir-9-P1 Cpo-Mir-9-P1 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Dno-Mir-9-P1 Dre-Mir-9-P1a Dre-Mir-9-P1b Eba-Mir-9 Eca-Mir-9-P1 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Ete-Mir-9-P1 Gga-Mir-9-P1 Gja-Mir-9-P1 Gmo-Mir-9-P1a Gmo-Mir-9-P1b Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Hsa-Mir-9-P1 Isc-Mir-9 Laf-Mir-9-P1 Lan-Mir-9 Lch-Mir-9-P1 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Loc-Mir-9-P1 Mal-Mir-9-P1a Mal-Mir-9-P1b Mdo-Mir-9-P1 Mml-Mir-9-P1 Mmr-Mir-9-P1 Mmu-Mir-9-P1 Mom-Mir-9 Mun-Mir-9-P1 Npo-Mir-9 Oan-Mir-9-P1 Obi-Mir-9 Ocu-Mir-9-P1 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pbv-Mir-9-P1 Pdu-Mir-9 Pma-Mir-9-o1 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rno-Mir-9-P1 Rph-Mir-9 Sha-Mir-9-P1 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spt-Mir-9-P1 Spu-Mir-9 Sto-Mir-9-P1 Tgu-Mir-9-P1 Tni-Mir-9-P1a Tni-Mir-9-P1b War-Mir-9 Xbo-Mir-9 Xla-Mir-9-P1c Xla-Mir-9-P1d Xtr-Mir-9-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054695.2: 92449932-92449993 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCGGCAGUGGCUAAGGGAGGCCCGUUUCUCUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUGCCACAGAGCCGUCAUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUAGAAAUGACUCUCACAACUUCUGCGUGCGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGGCAGUGGCUAAGGG-- CC -| C G GUGCCA AGG CGUUUCU CU UUUGGUUAUCUAGCU UAUGA C UCU GUAAAGA GA AAGCCAAUAGAUCGA AUACU A GAGCGUGCGUCUUCAACAC CA U^ - A GCCGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-9-P1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Pab-Mir-9-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUA -62
Get sequence
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