MirGeneDB ID | Hme-Mir-9-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hme-mir-9a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Hme-Mir-9-P9 Hme-Mir-9-P10 Hme-Mir-9-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-9-P11 Aga-Mir-9-P11 Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bge-Mir-9-P11 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dan-Mir-9-P11 Dgr-Mir-9 Dme-Mir-9-P11 Dmo-Mir-9-P11 Dsi-Mir-9-P11 Dya-Mir-9-P11 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gpa-Mir-9-P11 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Hmel_1) |
HE669612: 10319-10377 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P11) |
Mir-9-P12
HE669612: 9693-9752 [-]
Ensembl
Mir-306 HE669612: 9837-9892 [-] Ensembl Mir-9-P11 HE669612: 10319-10377 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AACCGCACGCCGCGUCCGGCGCGGCUCGUCUCUUUGGUAUCCUAGCUGUAGGCGUGUCCUCGUACCCUAAAGUUAUGGUACCGAAGUUACGAGCCGUACCGCGCCUCCACCGAGCGCGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AACCGCACGCCGCGUCC--| CG CU C G CGUGUC GG CGGCUCGU CUUUGGUAUC UAGCU UAGG \ CC GCCGAGCA GAAGCCAUGG AUUGA AUCC C GGCGCGAGCCACCUCCGCG^ AU UU U A CAUGCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Hme-Mir-9-P11_5p |
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mirBase accession | MIMAT0025003 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUUUGGUAUCCUAGCUGUAGG -22
Get sequence
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Star sequence | Hme-Mir-9-P11_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0025003 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAAAGUUAUGGUACCGAAGUUA -59
Get sequence
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