| MirGeneDB ID | Dmo-Mir-9-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dmo-mir-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dmo-Mir-9-P10 Dmo-Mir-9-P11 Dmo-Mir-9-P12-v1 Dmo-Mir-9-P12-v2 Dmo-Mir-9-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dan-Mir-9-P9 Dgr-Mir-9 Dlo-Mir-9-P9 Dma-Mir-9-P9 Dme-Mir-9-P9 Dpu-Mir-9-P9 Dsi-Mir-9-P9 Dya-Mir-9-P9 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hme-Mir-9-P9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 Tca-Mir-9-P9a Tca-Mir-9-P9b-v1 Tca-Mir-9-P9b-v2 Tca-Mir-9-P9c-v1 Tca-Mir-9-P9c-v2 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6496: 20936638-20936694 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P9) |
Mir-2-P6c
scaffold_6496: 20935964-20936029 [-]
Ensembl
Mir-2-P6b scaffold_6496: 20936142-20936210 [-] Ensembl Mir-2-P6a scaffold_6496: 20936318-20936375 [-] Ensembl Mir-2-P5 scaffold_6496: 20936468-20936531 [-] Ensembl Mir-9-P9 scaffold_6496: 20936638-20936694 [-] Ensembl Mir-279-P1 scaffold_6496: 20936799-20936877 [-] Ensembl Mir-3-P2 scaffold_6496: 20936995-20937055 [-] Ensembl Mir-3-P1 scaffold_6496: 20937123-20937187 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUAUAUCGUAUAGAGGUUGCAAUUAGUUUCUUUGGUCGUCCAGCCUUAGGUGAUUUCUCUGAUCAUAAAGCUAGACAACCAUUGAAGUUCGUUGUGGCAUAAGCAGCGCCUAUAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCUAUAUCGUAUAGAGG--|UG U GU UU C C CUUAG UUUC U CAAU A UUC UGGU GUC AGC GUGA \ G GUUG U AAG ACCA CAG UCG UACU U AUAUAUCCGCGACGAAUAC^GU C UG UU A A AAA-- AGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dmo-Mir-9-P9_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUUGGUCGUCCAGCCUUAGGUGA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Dmo-Mir-9-P9_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008629 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUAAAGCUAGACAACCAUUGAA -57
Get sequence
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