| MirGeneDB ID | Dmo-Mir-2-P6c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGAACG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dmo-mir-6-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dmo-Mir-2-P1 Dmo-Mir-2-P2a Dmo-Mir-2-P2b1 Dmo-Mir-2-P2b2 Dmo-Mir-2-P3b Dmo-Mir-2-P4a-v1 Dmo-Mir-2-P4a-v2 Dmo-Mir-2-P4b-v1 Dmo-Mir-2-P4b-v2 Dmo-Mir-2-P5 Dmo-Mir-2-P6a Dmo-Mir-2-P6b Dmo-Mir-2-P7 Dmo-Mir-2-P8 Dmo-Mir-2-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-2-o6 Dan-Mir-2-P6c Dme-Mir-2-P6c Dsi-Mir-2-P6c Dya-Mir-2-P6c Gpa-Mir-2-P6 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6496: 20935964-20936029 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P6c) |
Mir-2-P6c
scaffold_6496: 20935964-20936029 [-]
Ensembl
Mir-2-P6b scaffold_6496: 20936142-20936210 [-] Ensembl Mir-2-P6a scaffold_6496: 20936318-20936375 [-] Ensembl Mir-2-P5 scaffold_6496: 20936468-20936531 [-] Ensembl Mir-9-P9 scaffold_6496: 20936638-20936694 [-] Ensembl Mir-279-P1 scaffold_6496: 20936799-20936877 [-] Ensembl Mir-3-P2 scaffold_6496: 20936995-20937055 [-] Ensembl Mir-3-P1 scaffold_6496: 20937123-20937187 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAAAUCGUGGCCGUAAAUUGCUUAAAGAGAAGAGAACGUUCGCUGUUGAUGUAGUCGAAUUCAUUUAAUCUUUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUUGUUUAACAAUUUUUCAACGUUGAGAAUGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAAUCGUGGCCGUAAA---| C G UU U GUCGAAUUC UUG UUAAA AGAAGAGAACG CGCUGU GAUGUA \ AAC AAUUU UUUUUUCUUGU GUGACA CUAUAU A AGUAAGAGUUGCAACUUUUU^ - G CG - UUCUAAUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dmo-Mir-2-P6c_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAGAACGUUCGCUGUUGAUGUA -23
Get sequence
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| Star sequence | Dmo-Mir-2-P6c_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0008635 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UAUCACAGUGGCUGUUCUUUUU -66
Get sequence
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