| MirGeneDB ID | Dan-Mir-2-P6c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dan-mir-6-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dan-Mir-2-P1-v1 Dan-Mir-2-P1-v2 Dan-Mir-2-P2a Dan-Mir-2-P2b1 Dan-Mir-2-P2b2 Dan-Mir-2-P3a-v1 Dan-Mir-2-P3a-v2 Dan-Mir-2-P3b Dan-Mir-2-P4a-v1 Dan-Mir-2-P4a-v2 Dan-Mir-2-P4b-v1 Dan-Mir-2-P4b-v2 Dan-Mir-2-P5 Dan-Mir-2-P6a Dan-Mir-2-P6b Dan-Mir-2-P7 Dan-Mir-2-P8 Dan-Mir-2-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-2-o6 Dme-Mir-2-P6c Dmo-Mir-2-P6c Dsi-Mir-2-P6c Dya-Mir-2-P6c Gpa-Mir-2-P6 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_13266: 9732130-9732191 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P6c) |
Mir-3-P1
scaffold_13266: 9731119-9731176 [+]
Ensembl
Mir-3-P2 scaffold_13266: 9731233-9731293 [+] Ensembl Mir-279-P1 scaffold_13266: 9731371-9731449 [+] Ensembl Mir-9-P9 scaffold_13266: 9731536-9731592 [+] Ensembl Mir-2-P5 scaffold_13266: 9731684-9731747 [+] Ensembl Mir-2-P6a scaffold_13266: 9731826-9731883 [+] Ensembl Mir-2-P6b scaffold_13266: 9731970-9732041 [+] Ensembl Mir-2-P6c scaffold_13266: 9732130-9732191 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGACAGAAAUUGAAAAUUGUUCAAAAAGAAGGGAACGGUCGCUGCUGAUGUAGUUAUUCGCAUCAUUUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUUGUUUGCCAAUCGAUCUACGUUCCUGCGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGACAGAAAUUGAAAA---| UU A C GUUAUUC UUG CAAA AGAAGGGAACGGUCGCUG UGAUGUA \ AAC GUUU UUUUUUCUUGUCGGUGAC ACUAUAU G AAGCGUCCUUGCAUCUAGCU^ C- G - UUACUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dan-Mir-2-P6c_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGAACGGUCGCUGCUGAUGUA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dan-Mir-2-P6c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008462 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAUCACAGUGGCUGUUCUUUUU -62
Get sequence
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