MirGeneDB ID | Dan-Mir-2-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dan-mir-2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dan-Mir-2-P1-v1 Dan-Mir-2-P1-v2 Dan-Mir-2-P2a Dan-Mir-2-P2b1 Dan-Mir-2-P2b2 Dan-Mir-2-P3a-v1 Dan-Mir-2-P3a-v2 Dan-Mir-2-P4a-v1 Dan-Mir-2-P4a-v2 Dan-Mir-2-P4b-v1 Dan-Mir-2-P4b-v2 Dan-Mir-2-P5 Dan-Mir-2-P6a Dan-Mir-2-P6b Dan-Mir-2-P6c Dan-Mir-2-P7 Dan-Mir-2-P8 Dan-Mir-2-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P3 Aga-Mir-2-P3 Bge-Mir-2-P3-v1 Bge-Mir-2-P3-v2 Cbr-Mir-2-o3 Cel-Mir-2-o3 Dlo-Mir-2-P3-v1 Dlo-Mir-2-P3-v2 Dma-Mir-2-P3 Dme-Mir-2-P3b Dmo-Mir-2-P3b Dpu-Mir-2-P3 Dsi-Mir-2-P3b Dya-Mir-2-P3b Gpa-Mir-2-P3b Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P3-v1 Hme-Mir-2-P3-v2 Isc-Mir-2-P3 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P3-v1 Tca-Mir-2-P3-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_12916: 12013322-12013390 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P3b) |
Mir-2-P3b
scaffold_12916: 12013322-12013390 [+]
Ensembl
Mir-2-P4a-v1 scaffold_12916: 12013671-12013735 [+] Ensembl Mir-2-P4a-v2 scaffold_12916: 12013671-12013735 [+] Ensembl Mir-2-P4b-v1 scaffold_12916: 12013993-12014052 [+] Ensembl Mir-2-P4b-v2 scaffold_12916: 12013993-12014052 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCGGCGCCAUCCCACAGGAGAAUUGUGUCAUUCUUCAAAGUGGUUGUGAAAUGUUUGCCUUUUUAUGCCUAUUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAGGAGCGACGCAAUGCUCAAGACAAAAAAAAAAAAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCGGCGCCAUCCCACAG-- A A -| A UUUGCCUUU GAG AUUGUGUC UUCUUCAAAG UGGUUGUGA AUG U CUC UAACGCAG GAGGAGUUUC ACCGACACU UAC U AAAAAAAAAAAAAACAGAA G C G^ A UUAUCCGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dan-Mir-2-P3b_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUCUUCAAAGUGGUUGUGAAAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dan-Mir-2-P3b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0008417 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
45- UAUCACAGCCAGCUUUGAGGAGCG -69
Get sequence
|