MirGeneDB ID | Dan-Mir-2-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dan-mir-13a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dan-Mir-2-P1-v1 Dan-Mir-2-P1-v2 Dan-Mir-2-P2b1 Dan-Mir-2-P2b2 Dan-Mir-2-P3a-v1 Dan-Mir-2-P3a-v2 Dan-Mir-2-P3b Dan-Mir-2-P4a-v1 Dan-Mir-2-P4a-v2 Dan-Mir-2-P4b-v1 Dan-Mir-2-P4b-v2 Dan-Mir-2-P5 Dan-Mir-2-P6a Dan-Mir-2-P6b Dan-Mir-2-P6c Dan-Mir-2-P7 Dan-Mir-2-P8 Dan-Mir-2-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aga-Mir-2-P2a Bge-Mir-2-P2a Dlo-Mir-2-P2a Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dme-Mir-2-P2a Dmo-Mir-2-P2a Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P2 Dsi-Mir-2-P2a Dya-Mir-2-P2a Gpa-Mir-2-P2a Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P2a Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_13340: 12827632-12827693 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P2a) |
Mir-2-P2b1
scaffold_13340: 12827487-12827547 [-]
Ensembl
Mir-2-P2a scaffold_13340: 12827632-12827693 [-] Ensembl Mir-2-P1-v1 scaffold_13340: 12827849-12827913 [-] Ensembl Mir-2-P1-v2 scaffold_13340: 12827849-12827913 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAAGGACGAUCCAUCGAGUUCUUACGUAACUCCUCAAAGGGCUGUGAAAUGUUGCCAUUAUCUACUCAUAUCACAGCCAUUUUGAUGAGUUUCGUGGGAAUCGUCAGAAAACCGUCAGAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAAAGGACGAUCCAUCGA-- U C -| A UUGCCAU GUUCUUACG AACUC UCAAAG GGCUGUGA AUG \ UAAGGGUGC UUGAG AGUUUU CCGACACU UAC U AAAGACUGCCAAAAGACUGC U U A^ A UCAUCUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dan-Mir-2-P2a_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUCCUCAAAGGGCUGUGAAAUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Dan-Mir-2-P2a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0008420 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UAUCACAGCCAUUUUGAUGAGUU -62
Get sequence
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