MirGeneDB ID | Dpu-Mir-2-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P1 Dpu-Mir-2-P3 Dpu-Mir-2-P4 Dpu-Mir-2-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P2b Aga-Mir-2-P2a Aga-Mir-2-P2b Bge-Mir-2-P2a Bge-Mir-2-P2b Csc-Mir-2-P2n Csc-Mir-2-P2o Dan-Mir-2-P2a Dan-Mir-2-P2b1 Dan-Mir-2-P2b2 Dlo-Mir-2-P2a Dlo-Mir-2-P2b Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dme-Mir-2-P2a Dme-Mir-2-P2b1 Dme-Mir-2-P2b2 Dmo-Mir-2-P2a Dmo-Mir-2-P2b1 Dmo-Mir-2-P2b2 Dsi-Mir-2-P2a Dsi-Mir-2-P2b1 Dsi-Mir-2-P2b2 Dya-Mir-2-P2a Dya-Mir-2-P2b1 Dya-Mir-2-P2b2 Gpa-Mir-2-P2a Gpa-Mir-2-P2b Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P2a Hme-Mir-2-P2b Lpo-Mir-2-P2g Lpo-Mir-2-P2h Lpo-Mir-2-P2j Lpo-Mir-2-P2l Lpo-Mir-2-P2m Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P2a Tca-Mir-2-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_80: 240731-240792 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P2) |
Mir-71
DAPPUscaffold_80: 240430-240495 [+]
Ensembl
Mir-2-P3 DAPPUscaffold_80: 240864-240934 [+] Ensembl Mir-2-P4 DAPPUscaffold_80: 241044-241106 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAAAAGACAUUUGACGCAUUUGCGCCGCUCGUCGGAAAGGCUGUGGUGUGUUGCCAUUUUACAAUUUCAUAUCACAGCCAUUCUAGAUGCGCGGAGCUGCCGGAAGACGCAGAGAAAUUGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAAAAAGACAUUUGACGCAUUU-- G U -| A UUGCCAUU GC CCGC CGUC GGAA GGCUGUGGUGUG \ CG GGCG GUAG UCUU CCGACACUAUAC U AGUUAAAGAGACGCAGAAGGCCGU A C A^ A UUUAACAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dpu-Mir-2-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGUCGGAAAGGCUGUGGUGUG -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dpu-Mir-2-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAUCACAGCCAUUCUAGAUGCG -62
Get sequence
|