MirGeneDB ID | Dsi-Mir-2-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dsi-mir-13a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dsi-Mir-2-P1-v1 Dsi-Mir-2-P1-v2 Dsi-Mir-2-P2b1 Dsi-Mir-2-P2b2 Dsi-Mir-2-P3a Dsi-Mir-2-P3b Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dsi-Mir-2-P4a-v2 Dsi-Mir-2-P4b-v1 Dsi-Mir-2-P4b-v2 Dsi-Mir-2-P5 Dsi-Mir-2-P6a Dsi-Mir-2-P6b Dsi-Mir-2-P6c Dsi-Mir-2-P7 Dsi-Mir-2-P8 Dsi-Mir-2-P9-v1 Dsi-Mir-2-P9-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aga-Mir-2-P2a Bge-Mir-2-P2a Dan-Mir-2-P2a Dlo-Mir-2-P2a Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dme-Mir-2-P2a Dmo-Mir-2-P2a Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P2 Dya-Mir-2-P2a Gpa-Mir-2-P2a Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P2a Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
3R: 9985528-9985590 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P2a) |
Mir-2-P1-v1
3R: 9985314-9985380 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P1-v2 3R: 9985314-9985380 [+] UCSC Ensembl Mir-2-P2a 3R: 9985528-9985590 [+] UCSC Ensembl Mir-2-P2b1 3R: 9985663-9985722 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUCGUGAUCCAAGCCAUAGUUCUUACGUAACUCCUCAAAGGGUUGUGAAAUGUCGACUAUUAUCUACUCAUAUCACAGCCAUUUUGAUGAGUUUCGUGCGAAUCUCGGCAGCGGAUCGAAAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCGUGAUCCAAGCCAUA-- U U C -| A UCGACUA GUUC UACG AACUC UCAAAG GGUUGUGA AUG U UAAG GUGC UUGAG AGUUUU CCGACACU UAC U AAAAAGCUAGGCGACGGCUC C U U A^ A UCAUCUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dsi-Mir-2-P2a_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUCCUCAAAGGGUUGUGAAAUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Dsi-Mir-2-P2a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0008881 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAUCACAGCCAUUUUGAUGAGUU -63
Get sequence
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