| MirGeneDB ID | Dsi-Mir-2-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dsi-mir-5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dsi-Mir-2-P1-v1 Dsi-Mir-2-P1-v2 Dsi-Mir-2-P2a Dsi-Mir-2-P2b1 Dsi-Mir-2-P2b2 Dsi-Mir-2-P3a Dsi-Mir-2-P3b Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dsi-Mir-2-P4a-v2 Dsi-Mir-2-P4b-v1 Dsi-Mir-2-P4b-v2 Dsi-Mir-2-P6a Dsi-Mir-2-P6b Dsi-Mir-2-P6c Dsi-Mir-2-P7 Dsi-Mir-2-P8 Dsi-Mir-2-P9-v1 Dsi-Mir-2-P9-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P5a Aae-Mir-2-P5b Aga-Mir-2-P5a1 Aga-Mir-2-P5a2 Aga-Mir-2-P5b Cel-Mir-2-o5 Dan-Mir-2-P5 Dlo-Mir-2-P5 Dma-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P5 Dmo-Mir-2-P5 Dpu-Mir-2-P5 Dya-Mir-2-P5 Gpa-Mir-2-P5-v1 Gpa-Mir-2-P5-v2 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P5c Tca-Mir-2-P5d Tca-Mir-2-P5e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
2R: 16151011-16151070 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P5) |
Mir-2-P6c
2R: 16150571-16150636 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P6b 2R: 16150723-16150784 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P6a 2R: 16150863-16150925 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P5 2R: 16151011-16151070 [-] UCSC Ensembl Mir-9-P9 2R: 16151148-16151204 [-] UCSC Ensembl Mir-279-P1 2R: 16151283-16151358 [-] UCSC Ensembl Mir-3-P2 2R: 16151447-16151503 [-] UCSC Ensembl Mir-3-P1 2R: 16151557-16151615 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAUCACCAAAUUCAUCGGGCCAUUCGCUAAAAGGAACGAUCGUUGUGAUAUGAGUUGUUCCCAACAUAUCACAGUGAUUUUCCUUUAUAUCGCAUGUUAAAAGUCCACAAUUCAUCAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUAUCACCAAAUUCAUCGGGC-- U C -| C AGUUG CAU CG UA AAAGGAA GAUCGUUGUGAUAUG U GUA GC AU UUUCCUU UUAGUGACACUAUAC U GAACUACUUAACACCUGAAAAUU C U A^ - AACCC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dsi-Mir-2-P5_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0008890 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAGGAACGAUCGUUGUGAUAUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Dsi-Mir-2-P5_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUCACAGUGAUUUUCCUUUAUA -60
Get sequence
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