MirGeneDB ID | Tca-Mir-2-P5c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-2944a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-2-P1-v1 Tca-Mir-2-P1-v2 Tca-Mir-2-P2a Tca-Mir-2-P2b Tca-Mir-2-P3-v1 Tca-Mir-2-P3-v2 Tca-Mir-2-P4-v1 Tca-Mir-2-P4-v2 Tca-Mir-2-P5d Tca-Mir-2-P5e Tca-Mir-2-P7 Tca-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cel-Mir-2-o5 Dan-Mir-2-P5 Dlo-Mir-2-P5 Dma-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P5 Dmo-Mir-2-P5 Dpu-Mir-2-P5 Dsi-Mir-2-P5 Dya-Mir-2-P5 Gpa-Mir-2-P5-v1 Gpa-Mir-2-P5-v2 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG3: 15689938-15689994 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P5c) |
Mir-3841
LG3: 15689576-15689634 [+]
Ensembl
Mir-3840 LG3: 15689698-15689754 [+] Ensembl Mir-9-P9a LG3: 15689817-15689876 [+] Ensembl Mir-2-P5c LG3: 15689938-15689994 [+] Ensembl Mir-279-P1c LG3: 15690069-15690126 [+] Ensembl Mir-3843 LG3: 15690171-15690228 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAUGUGUUUUCACAACUCGCUGAAACUGUGGAGGAACUAUUGGUGUGAUUUGUUCAUUUAAUCAUAUCACAGCCAUUAGUUACUUCACAGUUUCAGUAUUUUCUACACUGGAGUUAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAUGUGUUUUCACAACUC-- G U -| U UUCA GCUGAAACUGUGGAG AACUA UGG UGUGAU UG U UGACUUUGACACUUC UUGAU ACC ACACUA AC U GAUUGAGGUCACAUCUUUUA A U G^ U UAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tca-Mir-2-P5c_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0018718 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAGGAACUAUUGGUGUGAUUUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tca-Mir-2-P5c_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0018719 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UAUCACAGCCAUUAGUUACUUCA -57
Get sequence
|