MirGeneDB ID | Dme-Mir-2-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dme-mir-5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dme-Mir-2-P1-v1 Dme-Mir-2-P1-v2 Dme-Mir-2-P2a Dme-Mir-2-P2b1 Dme-Mir-2-P2b2 Dme-Mir-2-P3a Dme-Mir-2-P3b Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4a-v2 Dme-Mir-2-P4b-v1 Dme-Mir-2-P4b-v2 Dme-Mir-2-P6a Dme-Mir-2-P6b Dme-Mir-2-P6c Dme-Mir-2-P7 Dme-Mir-2-P8-v1 Dme-Mir-2-P8-v2 Dme-Mir-2-P9-v1 Dme-Mir-2-P9-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P5a Aae-Mir-2-P5b Aga-Mir-2-P5a1 Aga-Mir-2-P5a2 Aga-Mir-2-P5b Cel-Mir-2-o5 Dan-Mir-2-P5 Dlo-Mir-2-P5 Dma-Mir-2-P5 Dmo-Mir-2-P5 Dpu-Mir-2-P5 Dsi-Mir-2-P5 Dya-Mir-2-P5 Gpa-Mir-2-P5-v1 Gpa-Mir-2-P5-v2 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P5c Tca-Mir-2-P5d Tca-Mir-2-P5e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2R: 19661162-19661222 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P5) |
Mir-4983
2R: 19637431-19637502 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P6c 2R: 19660722-19660787 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P6b 2R: 19660874-19660935 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P6a 2R: 19661012-19661074 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P5 2R: 19661162-19661222 [-] UCSC Ensembl Mir-9-P9 2R: 19661300-19661356 [-] UCSC Ensembl Mir-279-P1 2R: 19661435-19661509 [-] UCSC Ensembl Mir-3-P2 2R: 19661600-19661656 [-] UCSC Ensembl Mir-3-P1 2R: 19661710-19661768 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGAUCCCCAAAUUCAUCGGGCCAUUCGCUAAAAGGAACGAUCGUUGUGAUAUGAGUUGUUUCCUAACAUAUCACAGUGAUUUUCCUUUAUAACGCAUGUUUAAAGUCCACAACUCAUCAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGAUCCCCAAAUUCAUCGGGC-- U C -| C AGUUGU CAU CG UA AAAGGAA GAUCGUUGUGAUAUG \ GUA GC AU UUUCCUU UUAGUGACACUAUAC U GAACUACUCAACACCUGAAAUUU C A A^ - AAUCCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dme-Mir-2-P5_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0000110 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAGGAACGAUCGUUGUGAUAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000110 TargetScanFly: dme-miR-5 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dme-Mir-2-P5_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0020786 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAUCACAGUGAUUUUCCUUUAUA -61
Get sequence
|