| MirGeneDB ID | Dme-Mir-2-P2b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-13b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dme-Mir-2-P1-v1 Dme-Mir-2-P1-v2 Dme-Mir-2-P2a Dme-Mir-2-P2b2 Dme-Mir-2-P3a Dme-Mir-2-P3b Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4a-v2 Dme-Mir-2-P4b-v1 Dme-Mir-2-P4b-v2 Dme-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P6a Dme-Mir-2-P6b Dme-Mir-2-P6c Dme-Mir-2-P7 Dme-Mir-2-P8-v1 Dme-Mir-2-P8-v2 Dme-Mir-2-P9-v1 Dme-Mir-2-P9-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P2b Aga-Mir-2-P2b Bge-Mir-2-P2b Dan-Mir-2-P2b1 Dlo-Mir-2-P2b Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dmo-Mir-2-P2b1 Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P2 Dsi-Mir-2-P2b1 Dya-Mir-2-P2b1 Gpa-Mir-2-P2b Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P2b Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
3R: 15417411-15417470 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P2b1) |
Mir-2-P2b1
3R: 15417411-15417470 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P2a 3R: 15417547-15417609 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P1-v1 3R: 15417760-15417826 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P1-v2 3R: 15417760-15417826 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGACUGAACCACGUCUUUCUUAUACCAUGUCGUUAAAAUGUUUGUGAACUUAUGUAUUCACAAUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGGGUAAAGAAAUCUCAACAUUGAACGGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGACUGAACCACGUCU-- A AUG--| U ACU UAUU UUCUU UACC UCGUUAAAAUG UUGUGA UAUG C AAGAA AUGG AGCAGUUUUAC GACACU AUAC A UAGGCAAGUUACAACUCUA - GUUUG^ C --- UAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dme-Mir-2-P2b1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020796 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGUUAAAAUGUUUGUGAACUUAUG -25
Get sequence
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| Mature sequence | Dme-Mir-2-P2b1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000119 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUCACAGCCAUUUUGACGAGUU -60
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000119 TargetScanFly: dme-miR-13b |
