MirGeneDB ID | Hme-Mir-2-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hme-mir-13b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Hme-Mir-2-P1-v1 Hme-Mir-2-P1-v2 Hme-Mir-2-P2a Hme-Mir-2-P3-v1 Hme-Mir-2-P3-v2 Hme-Mir-2-P4 Hme-Mir-2-P7 Hme-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P2b Aga-Mir-2-P2b Bge-Mir-2-P2b Dan-Mir-2-P2b1 Dan-Mir-2-P2b2 Dlo-Mir-2-P2b Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dme-Mir-2-P2b1 Dme-Mir-2-P2b2 Dmo-Mir-2-P2b1 Dmo-Mir-2-P2b2 Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P2 Dsi-Mir-2-P2b1 Dsi-Mir-2-P2b2 Dya-Mir-2-P2b1 Dya-Mir-2-P2b2 Gpa-Mir-2-P2b Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Hmel_1) |
HE671256: 344775-344830 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P2b) |
Mir-71
HE671256: 336024-336085 [+]
Ensembl
Mir-2-P1-v2 HE671256: 344481-344540 [+] Ensembl Mir-2-P1-v1 HE671256: 344483-344538 [+] Ensembl Mir-2-P2a HE671256: 344637-344695 [+] Ensembl Mir-2-P2b HE671256: 344775-344830 [+] Ensembl Mir-2-P3-v2 HE671256: 344897-344955 [+] Ensembl Mir-2-P3-v1 HE671256: 344898-344954 [+] Ensembl Mir-2-P4 HE671256: 345032-345089 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUAUAGGUAUUUGGAGAGUCUGUGGCCCAUUCGUAAAAAUGGCUGUGCCAUGGUACAUAUUCAUAUCACAGCCAUUUUUGACGAGUUGGGCUGCGGGGCAGUUCUCUGGCAUCUUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUAUAGGUAUUUGGAGAG- UG - -| CC GUAC UCUG GCCC AUUCG UAAAAAUGGCUGUG AUG \ GGGC CGGG UGAGC GUUUUUACCGACAC UAC A AUUCUACGGUCUCUUGACG GU U A^ UA UUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Hme-Mir-2-P2b_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCGUAAAAAUGGCUGUGCCAUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Hme-Mir-2-P2b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0024941 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
33- UAUCACAGCCAUUUUUGACGAGU -56
Get sequence
|