| MirGeneDB ID | Hme-Mir-2-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hme-mir-2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hme-Mir-2-P1-v1 Hme-Mir-2-P1-v2 Hme-Mir-2-P2c Hme-Mir-2-P2d Hme-Mir-2-P3-v2 Hme-Mir-2-P4 Hme-Mir-2-P7 Hme-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P3 Bge-Mir-2-P3 Cbr-Mir-2-o3 Cel-Mir-2-o3 Csc-Mir-2-P3n Csc-Mir-2-P3o Dan-Mir-2-P3a-v1 Dan-Mir-2-P3a-v2 Dan-Mir-2-P3b Dma-Mir-2-P3 Dme-Mir-2-P3a Dme-Mir-2-P3b Dmo-Mir-2-P3b Dpu-Mir-2-P3 Dsi-Mir-2-P3a Dsi-Mir-2-P3b Dya-Mir-2-P3a Dya-Mir-2-P3b Isc-Mir-2-P3 Lpo-Mir-2-P3g Lpo-Mir-2-P3h Lpo-Mir-2-P3i Lpo-Mir-2-P3k Lpo-Mir-2-P3l Lpo-Mir-2-P3m Tca-Mir-2-P3-v1 Tca-Mir-2-P3-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
HE671256: 344898-344954 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P3-v1) |
Mir-71
HE671256: 336024-336085 [+]
Ensembl
Mir-2-P1-v2 HE671256: 344481-344540 [+] Ensembl Mir-2-P1-v1 HE671256: 344483-344538 [+] Ensembl Mir-2-P2c HE671256: 344637-344695 [+] Ensembl Mir-2-P2d HE671256: 344775-344830 [+] Ensembl Mir-2-P3-v2 HE671256: 344897-344955 [+] Ensembl Mir-2-P3-v1 HE671256: 344898-344954 [+] Ensembl Mir-2-P4 HE671256: 345032-345089 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGUAUAGUCAUCGGGCAGGUCGAGUGUCACUCACGAAGUGGUUGUAGUAUGUCUCCAGUCCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCGACAAUUGGCGAACUGGCGACUGCUGCGCGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CGGUAUAGUCAUCGGGCAG-- G A - -| A UCUC GUCGA UGUC CUCA CGAAG UGGUUGU GUAUG \ CGGUU ACAG GAGU GUUUC ACCGACA UAUAC C AGCGCGUCGUCAGCGGUCAAG A C A G^ C CUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hme-Mir-2-P3-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCACGAAGUGGUUGUAGUAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Hme-Mir-2-P3-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0024972 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
33- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCG -57
Get sequence
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