MirGeneDB ID | Isc-Mir-2-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAUCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Deer tick (Ixodes scapularis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Isc-Mir-2-P1 Isc-Mir-2-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P3 Bge-Mir-2-P3 Cbr-Mir-2-o3 Cel-Mir-2-o3 Csc-Mir-2-P3n Csc-Mir-2-P3o Dan-Mir-2-P3a-v1 Dan-Mir-2-P3a-v2 Dan-Mir-2-P3b Dma-Mir-2-P3 Dme-Mir-2-P3a Dme-Mir-2-P3b Dmo-Mir-2-P3b Dpu-Mir-2-P3 Dsi-Mir-2-P3a Dsi-Mir-2-P3b Dya-Mir-2-P3a Dya-Mir-2-P3b Hme-Mir-2-P3-v1 Hme-Mir-2-P3-v2 Lpo-Mir-2-P3g Lpo-Mir-2-P3h Lpo-Mir-2-P3i Lpo-Mir-2-P3k Lpo-Mir-2-P3l Lpo-Mir-2-P3m Tca-Mir-2-P3-v1 Tca-Mir-2-P3-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (IscaWI) |
DS799611: 45337-45397 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P3) |
Mir-2-P4
DS799611: 45175-45234 [-]
Ensembl
Mir-2-P1 DS799611: 45564-45628 [-] Ensembl Mir-71 DS799611: 45706-45768 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUCCCUCGUUCGAGAUUGCUCUCACCCGGGCAUCAAACUGGUUGUGGUUUGUCACGUCAGAUAUCAUAUCACAGCCAUCUUUGAUGACCCUGGCCCGGCAAAUUGGCAUCGUGGUUGUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCUCCCUCGUUCGAGAU--- CUCA C - C-| U UCACGU UGCU CC GGG CAUCAAA UGGUUGUGGU UG \ ACGG GG CCC GUAGUUU ACCGACACUA AC C GGUGUUGGUGCUACGGUUAA CCC- U A CU^ U UAUAGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Isc-Mir-2-P3_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCAUCAAACUGGUUGUGGUUUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Isc-Mir-2-P3_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAUCACAGCCAUCUUUGAUGACCC -61
Get sequence
|