| MirGeneDB ID | Isc-Mir-2-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Deer tick (Ixodes scapularis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | isc-mir-2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Isc-Mir-2-P1 Isc-Mir-2-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P4-v1 Aae-Mir-2-P4-v2 Bge-Mir-2-P4c-v1 Bge-Mir-2-P4c-v2 Bge-Mir-2-P4d-v1 Bge-Mir-2-P4d-v2 Cbr-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o4 Csc-Mir-2-P4n Csc-Mir-2-P4o Dan-Mir-2-P4a-v1 Dan-Mir-2-P4a-v2 Dan-Mir-2-P4b-v1 Dan-Mir-2-P4b-v2 Dma-Mir-2-P4 Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4a-v2 Dme-Mir-2-P4b-v1 Dme-Mir-2-P4b-v2 Dmo-Mir-2-P4a-v1 Dmo-Mir-2-P4a-v2 Dmo-Mir-2-P4b-v1 Dmo-Mir-2-P4b-v2 Dpu-Mir-2-P4 Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dsi-Mir-2-P4a-v2 Dsi-Mir-2-P4b-v1 Dsi-Mir-2-P4b-v2 Dya-Mir-2-P4a-v1 Dya-Mir-2-P4a-v2 Dya-Mir-2-P4b-v1 Dya-Mir-2-P4b-v2 Hme-Mir-2-P4 Lpo-Mir-2-P4h Lpo-Mir-2-P4i Lpo-Mir-2-P4j Lpo-Mir-2-P4k Lpo-Mir-2-P4l Tca-Mir-2-P4-v1 Tca-Mir-2-P4-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (IscaWI) |
DS799611: 45175-45234 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P4) |
Mir-2-P4
DS799611: 45175-45234 [-]
Ensembl
Mir-2-P1 DS799611: 45564-45628 [-] Ensembl Mir-71 DS799611: 45706-45768 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCUGCAUUUCGUAGACGUCCCACCUCUGUUCGUCAAAGUGGCUCUGAUGUGUGUCUCUUUUUUUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCGGUGGUGAGUCUCCUACUUCGGAAUGAGGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCCUGCAUUUCGUAGACGUCC-- U -| C UGUCUC CACC CUGUUCGUCAAAG UGGCU UGAUGUG \ GUGG GGCGAGUAGUUUC ACCGA ACUAUAC U CGGAGUAAGGCUUCAUCCUCUGA U G^ C UUUUUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Isc-Mir-2-P4_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGUCAAAGUGGCUCUGAUGUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Isc-Mir-2-P4_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0012696 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC -60
Get sequence
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