| MirGeneDB ID | Dme-Mir-2-P4b-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-2a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dme-Mir-2-P1-v1 Dme-Mir-2-P1-v2 Dme-Mir-2-P2a Dme-Mir-2-P2b1 Dme-Mir-2-P2b2 Dme-Mir-2-P3a Dme-Mir-2-P3b Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4a-v2 Dme-Mir-2-P4b-v1 Dme-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P6a Dme-Mir-2-P6b Dme-Mir-2-P6c Dme-Mir-2-P7 Dme-Mir-2-P8-v1 Dme-Mir-2-P8-v2 Dme-Mir-2-P9-v1 Dme-Mir-2-P9-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P4-v1 Aae-Mir-2-P4-v2 Cbr-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o4 Dan-Mir-2-P4b-v1 Dan-Mir-2-P4b-v2 Dma-Mir-2-P4 Dmo-Mir-2-P4b-v1 Dmo-Mir-2-P4b-v2 Dpu-Mir-2-P4 Dsi-Mir-2-P4b-v1 Dsi-Mir-2-P4b-v2 Dya-Mir-2-P4b-v1 Dya-Mir-2-P4b-v2 Hme-Mir-2-P4 Isc-Mir-2-P4 Tca-Mir-2-P4-v1 Tca-Mir-2-P4-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2L: 19569495-19569554 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P4b-v2) |
Mir-2-P4b-v1
2L: 19569495-19569554 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P4b-v2 2L: 19569495-19569554 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P4a-v1 2L: 19569901-19569966 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P4a-v2 2L: 19569901-19569966 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P3b 2L: 19570188-19570256 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCUUACCUGUACGAUGUUGAUUAUCUAAGCCUCAUCAAGUGGUUGUGAUAUGGAUACCCAACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUAGGAUAAUCAACGGGAGACAACGUAAAUGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCCUUACCUGUACGAUG-- A C --| UGGAUAC UUGAUUAUCU AG CUCAUCAAG UGGUUGUGAUA \ AACUAAUAGG UC GAGUAGUUU ACCGACACUAU C AGUAAAUGCAACAGAGGGC A - CG^ ACGCAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Drosha cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dme-Mir-2-P4b-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020781 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUCAUCAAGUGGUUGUGAUA -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dme-Mir-2-P4b-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0000106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCACAGCCAGCUUUGAUGAGCU -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000106 |
