| MirGeneDB ID | Dme-Mir-2-P6c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-6-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dme-Mir-2-P1-v1 Dme-Mir-2-P1-v2 Dme-Mir-2-P2a Dme-Mir-2-P2b1 Dme-Mir-2-P2b2 Dme-Mir-2-P3a Dme-Mir-2-P3b Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4a-v2 Dme-Mir-2-P4b-v1 Dme-Mir-2-P4b-v2 Dme-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P6a Dme-Mir-2-P6b Dme-Mir-2-P7 Dme-Mir-2-P8-v1 Dme-Mir-2-P8-v2 Dme-Mir-2-P9-v1 Dme-Mir-2-P9-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-2-o6 Dan-Mir-2-P6c Dmo-Mir-2-P6c Dsi-Mir-2-P6c Dya-Mir-2-P6c Gpa-Mir-2-P6 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2R: 19660722-19660787 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P6c) |
Mir-4983
2R: 19637431-19637502 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P6c 2R: 19660722-19660787 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P6b 2R: 19660874-19660935 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P6a 2R: 19661012-19661074 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P5 2R: 19661162-19661222 [-] UCSC Ensembl Mir-9-P9 2R: 19661300-19661356 [-] UCSC Ensembl Mir-279-P1 2R: 19661435-19661509 [-] UCSC Ensembl Mir-3-P2 2R: 19661600-19661656 [-] UCSC Ensembl Mir-3-P1 2R: 19661710-19661768 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUGCGAAAAUUGAAAAUUGUACAAAAAGAAGGGAACGGUUGCUGAUGAUGUAGUUUGAAACUCUCACAAUUUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUUGUUUGGCAAUCGAUCUACGUUCAGUGGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUGCGAAAAUUGAAAA---| A A UG A GUUUGAAAC UUGU CAAA AGAAGGGAACGGU CUG UGAUGUA \ AACG GUUU UUUUUUCUUGUCG GAC ACUAUAU U UUGGUGACUUGCAUCUAGCU^ - G GU - UUAACACUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dme-Mir-2-P6c_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020789 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGAACGGUUGCUGAUGAUGUA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dme-Mir-2-P6c_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0000111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UAUCACAGUGGCUGUUCUUUUU -66
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000111 TargetScanFly: dme-miR-6 |
