| MirGeneDB ID | Dsi-Mir-2-P6c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dsi-mir-6-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dsi-Mir-2-P1-v1 Dsi-Mir-2-P1-v2 Dsi-Mir-2-P2a Dsi-Mir-2-P2b1 Dsi-Mir-2-P2b2 Dsi-Mir-2-P3a Dsi-Mir-2-P3b Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dsi-Mir-2-P4a-v2 Dsi-Mir-2-P4b-v1 Dsi-Mir-2-P4b-v2 Dsi-Mir-2-P5 Dsi-Mir-2-P6a Dsi-Mir-2-P6b Dsi-Mir-2-P7 Dsi-Mir-2-P8 Dsi-Mir-2-P9-v1 Dsi-Mir-2-P9-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-2-o6 Dan-Mir-2-P6c Dme-Mir-2-P6c Dmo-Mir-2-P6c Dya-Mir-2-P6c Gpa-Mir-2-P6 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
2R: 16150571-16150636 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P6c) |
Mir-2-P6c
2R: 16150571-16150636 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P6b 2R: 16150723-16150784 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P6a 2R: 16150863-16150925 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P5 2R: 16151011-16151070 [-] UCSC Ensembl Mir-9-P9 2R: 16151148-16151204 [-] UCSC Ensembl Mir-279-P1 2R: 16151283-16151358 [-] UCSC Ensembl Mir-3-P2 2R: 16151447-16151503 [-] UCSC Ensembl Mir-3-P1 2R: 16151557-16151615 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUGCGAAAAUUGAAAAUUGUACAAAAAGAAGGGAACGGUUGCUGAUGAUGUAGUUCGAAACUCUCACAAUUUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUUGUUUGGCAAUCGAUCUACGUUCAGUGGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUGCGAAAAUUGAAAA---| A A UG A GUUCGAAAC UUGU CAAA AGAAGGGAACGGU CUG UGAUGUA \ AACG GUUU UUUUUUCUUGUCG GAC ACUAUAU U UUGGUGACUUGCAUCUAGCU^ - G GU - UUAACACUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dsi-Mir-2-P6c_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGAACGGUUGCUGAUGAUGUA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dsi-Mir-2-P6c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008885 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UAUCACAGUGGCUGUUCUUUUU -66
Get sequence
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