| MirGeneDB ID | Dya-Mir-2-P6c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila yakuba) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dya-mir-6-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dya-Mir-2-P1-v1 Dya-Mir-2-P1-v2 Dya-Mir-2-P2a Dya-Mir-2-P2b1 Dya-Mir-2-P2b2 Dya-Mir-2-P3a Dya-Mir-2-P3b Dya-Mir-2-P4a-v1 Dya-Mir-2-P4a-v2 Dya-Mir-2-P4b-v1 Dya-Mir-2-P4b-v2 Dya-Mir-2-P5 Dya-Mir-2-P6a Dya-Mir-2-P6b Dya-Mir-2-P7 Dya-Mir-2-P8 Dya-Mir-2-P9-v1 Dya-Mir-2-P9-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-2-o6 Dan-Mir-2-P6c Dme-Mir-2-P6c Dmo-Mir-2-P6c Dsi-Mir-2-P6c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_yakuba.dyak_caf1.dna.toplevel) |
2R: 13624497-13624562 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P6c) |
Mir-3-P2
2R: 13623513-13623571 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-3-P1 2R: 13623628-13623684 [+] UCSC Ensembl Mir-279-P2 2R: 13623775-13623848 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P9 2R: 13623927-13623983 [+] UCSC Ensembl Mir-2-P5 2R: 13624064-13624124 [+] UCSC Ensembl Mir-2-P6a 2R: 13624211-13624273 [+] UCSC Ensembl Mir-2-P6b 2R: 13624349-13624410 [+] UCSC Ensembl Mir-2-P6c 2R: 13624497-13624562 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUGCGAAAAUUGAAAAUUGUUCAAAAAGAAGGGAACGGUUGCUGAUGAUGUAGUUCGAAACUCUCUCAAUUUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUUAUUUGGCAAUCGAUCUACAUUCAGUGGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUGCGAAAAUUGAAAA---| U A UG A GUUCGAAAC UUGU CAAA AGAAGGGAACGGU CUG UGAUGUA \ AACG GUUU UUUUUUCUUGUCG GAC ACUAUAU U GUGGUGACUUACAUCUAGCU^ - A GU - UUAACUCUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dya-Mir-2-P6c_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGAACGGUUGCUGAUGAUGUA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dya-Mir-2-P6c_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UAUCACAGUGGCUGUUCUUUUU -66
Get sequence
|
