| MirGeneDB ID | Dya-Mir-9-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila yakuba) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dya-mir-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dya-Mir-9-P10 Dya-Mir-9-P11 Dya-Mir-9-P12-v1 Dya-Mir-9-P12-v2 Dya-Mir-9-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dan-Mir-9-P9 Dgr-Mir-9 Dlo-Mir-9-P9 Dma-Mir-9-P9 Dme-Mir-9-P9 Dmo-Mir-9-P9 Dpu-Mir-9-P9 Dsi-Mir-9-P9 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hme-Mir-9-P9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 Tca-Mir-9-P9a Tca-Mir-9-P9b-v1 Tca-Mir-9-P9b-v2 Tca-Mir-9-P9c-v1 Tca-Mir-9-P9c-v2 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_yakuba.dyak_caf1.dna.toplevel) |
2R: 13623927-13623983 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P9) |
Mir-3-P1
2R: 13623513-13623571 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-3-P2 2R: 13623628-13623684 [+] UCSC Ensembl Mir-279-P1 2R: 13623775-13623848 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P9 2R: 13623927-13623983 [+] UCSC Ensembl Mir-2-P5 2R: 13624064-13624124 [+] UCSC Ensembl Mir-2-P6a 2R: 13624211-13624273 [+] UCSC Ensembl Mir-2-P6b 2R: 13624349-13624410 [+] UCSC Ensembl Mir-2-P6c 2R: 13624497-13624562 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCAGAUACUGGGGCAGUUGCAAUUAGUUUCUUUGGUCGUCCAGCCUUAGGUGACUUUUCUGAUCAUAAAGCUAGACAACCAUUGAAGUUCGUUGUGGCAUUAGCAGCACCAUUACGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUCAGAUACUGGGGCAG--|UG U GU UU C C CUUAG CUUU U CAAU A UUC UGGU GUC AGC GUGA \ G GUUG U AAG ACCA CAG UCG UACU U GCAUUACCACGACGAUUAC^GU C UG UU A A AAA-- AGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dya-Mir-9-P9_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUUGGUCGUCCAGCCUUAGGUGA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dya-Mir-9-P9_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUAAAGCUAGACAACCAUUGAA -57
Get sequence
|
