MirGeneDB ID | Asu-Mir-2-o6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACGGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Large roundworm (Ascaris suum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Asu-Mir-2-o7a Asu-Mir-2-o7b Asu-Mir-2-o8 Asu-Mir-2-o9 Asu-Mir-2-o10 Asu-Mir-2-o11a Asu-Mir-2-o11b Asu-Mir-2-o11c Asu-Mir-2-o11d Asu-Mir-2-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dan-Mir-2-P6a Dan-Mir-2-P6b Dan-Mir-2-P6c Dme-Mir-2-P6a Dme-Mir-2-P6b Dme-Mir-2-P6c Dmo-Mir-2-P6a Dmo-Mir-2-P6b Dmo-Mir-2-P6c Dsi-Mir-2-P6a Dsi-Mir-2-P6b Dsi-Mir-2-P6c Dya-Mir-2-P6a Dya-Mir-2-P6b Dya-Mir-2-P6c Gpa-Mir-2-P6 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A.suum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ASU_PRJNA80881_plustraces) |
Scaffold800: 124302-124361 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o6) |
Mir-5350-P6
Scaffold800: 97547-97610 [-]
Mir-279-o22 Scaffold800: 97897-97956 [-] Mir-2-o10 Scaffold800: 98049-98111 [-] Mir-36-o28 Scaffold800: 98613-98672 [-] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUCGUUGCCGAGAUGAGCUCCGUAUCCGACAACGGCAAAGACUGUUGAUAUGCUAAUGUUAGGAUCAUAUCACAGUAUUUUUGCUGUUCUUGGCUUCAGAGUAUCAUUUGUUGCCUUCAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUCGUUGCCGAGAUGAG-- CGUAU C --| U CUAAUG CUC CCGA AACGGCAAAG ACUGU GAUAUG \ GAG GGUU UUGUCGUUUU UGACA CUAUAC U GACUUCCGUUGUUUACUAU ACUUC C UA^ - UAGGAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Asu-Mir-2-o6_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACGGCAAAGACUGUUGAUAUG -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Asu-Mir-2-o6_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAUCACAGUAUUUUUGCUGUUCU -60
Get sequence
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