MirGeneDB ID | Dsi-Mir-3-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dsi-mir-309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dsi-Mir-3-P2 Dsi-Mir-3-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-3-o1a Aae-Mir-3-o1b Aga-Mir-3-o1 Dan-Mir-3-P1 Dlo-Mir-3 Dma-Mir-3 Dme-Mir-3-P1 Dmo-Mir-3-P1 Dpu-Mir-3 Dya-Mir-3-P1 Gpa-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
2R: 16151557-16151615 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-P1) |
Mir-2-P6c
2R: 16150571-16150636 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P6b 2R: 16150723-16150784 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P6a 2R: 16150863-16150925 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P5 2R: 16151011-16151070 [-] UCSC Ensembl Mir-9-P9 2R: 16151148-16151204 [-] UCSC Ensembl Mir-279-P1 2R: 16151283-16151358 [-] UCSC Ensembl Mir-3-P2 2R: 16151447-16151503 [-] UCSC Ensembl Mir-3-P1 2R: 16151557-16151615 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAAGUCUUAAAGUUUGGAACAGCAAUUAUACGACAAACCUUGUUCGGUUUUGCCAAUUUCCAAGCCAGCACUGGGUAAAGUUUGUCCUAUAAUCCCGAAACGACGACCAGCUAAUUGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAAGUCUUAAAGUUUGGAACAGCA--| C C UU U CCAAUU AUUAUA GACAAAC UUG CGGU UUG \ UAAUAU CUGUUUG AAU GUCA GAC U GUGUUAAUCGACCAGCAGCAAAGCCC^ C A GG C CGAACC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dsi-Mir-3-P1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGACAAACCUUGUUCGGUUUUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dsi-Mir-3-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0008894 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GCACUGGGUAAAGUUUGUCCUA -59
Get sequence
|