MirGeneDB ID | Aae-Mir-3-o1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Yellow fever mosquito (Aedes aegypti) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aae-mir-309a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aae-Mir-3-o1a Aae-Mir-3-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aga-Mir-3-o1 Dan-Mir-3-P1 Dlo-Mir-3 Dma-Mir-3 Dme-Mir-3-P1 Dmo-Mir-3-P1 Dpu-Mir-3 Dsi-Mir-3-P1 Dya-Mir-3-P1 Gpa-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. aegypti | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Aaeg_L3) |
supercont1.150: 907891-907959 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-o1b) |
Mir-2-P5b
supercont1.150: 907506-907572 [+]
Ensembl
Mir-3-o1b supercont1.150: 907891-907959 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGAUUCCAAAAUAUCCACCGAAUGUUAUGCGACUAACUUCGUUCAGUUUGGUGUCAUACGAAGGUUUCCAGUUUCAUCACUGGGCAAAGUUUGUCGCAUAAAUGCAAAUAAUUCGUCCGUUGCGGUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGAUUCCAAAAUAUCCACCGAAUG-- U C U-| UGUCAUACGA UUAUGCGAC AACUU GUUCAGU UGG A AAUACGCUG UUGAA CGGGUCA ACU G GUUGGCGUUGCCUGCUUAAUAAACGUA U A CU^ UUGACCUUUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Aae-Mir-3-o1b_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGACUAACUUCGUUCAGUUUGGU -23
Get sequence
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Mature sequence | Aae-Mir-3-o1b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0014272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
47- UCACUGGGCAAAGUUUGUCGCA -69
Get sequence
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