MirGeneDB ID | Aga-Mir-3-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aga-mir-309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aga-Mir-3-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-3-o1a Aae-Mir-3-o1b Dan-Mir-3-P1 Dlo-Mir-3 Dma-Mir-3 Dme-Mir-3-P1 Dmo-Mir-3-P1 Dpu-Mir-3 Dsi-Mir-3-P1 Dya-Mir-3-P1 Gpa-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Culicidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064601.1: 67177915-67177979 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-o1) |
Mir-3-o1
NC_064601.1: 67177915-67177979 [-]
Ensembl
Mir-2-P5a2 NC_064601.1: 67178094-67178150 [-] Ensembl Mir-279-P1b NC_064601.1: 67178504-67178570 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGAAGAAGCGCGAGUCUACACAUCGUUAUGCGACUAACUUCGUUCAGGUGAUGUUCAUUAAGCAAAUUCCAUCACUGGGCAAAGUUUGUCGCAUAAACCAUUUCAAUAGCCACAACACAACCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGAAGAAGCGCGAGUCUACACAUCG--| U C G UUCAUUA UUAUGCGAC AACUU GUUCAG UGAUG A AAUACGCUG UUGAA CGGGUC ACUAC G UACCAACACAACACCGAUAACUUUACCA^ U A - CUUAAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Aga-Mir-3-o1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCGACUAACUUCGUUCAGGUGAUG -24
Get sequence
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Mature sequence | Aga-Mir-3-o1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0010112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UCACUGGGCAAAGUUUGUCGCAU -65
Get sequence
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