MirGeneDB ID | Aga-Mir-3-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aga-Mir-3-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-3-o2 Dan-Mir-3-P2 Dlo-Mir-3 Dma-Mir-3 Dme-Mir-3-P2 Dmo-Mir-3-P2 Dpu-Mir-3 Dsi-Mir-3-P2 Dya-Mir-3-P2 Gpa-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Culicidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064602.1: 42669953-42670018 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-o2) |
Mir-2-P5a1
NC_064602.1: 42670118-42670173 [-]
Ensembl
Mir-2-P5b NC_064602.1: 42670305-42670366 [-] Ensembl Mir-279-P1a NC_064602.1: 42670645-42670715 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACUAAUGCAACUUCUAAUCCACUUGAAGAUGCGACAAACUCCGUCCAGAGGGUGUCCGAUUUCAAUGAACUCAUCACUGGGCAAAGUUUGUCGCAUAAACAAGCCGAAGUACGACUGGAAAAACAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUAAUGCAACUUCUAA--| CA AAG CC AG GUCCGAUUU UC CUUG AUGCGACAAACU GUCCAG GGU \ AG GAAC UACGCUGUUUGA CGGGUC CUA C UACAAAAAGGUCAGCAUGA^ CC AAA AA A- CUCAAGUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Aga-Mir-3-o2_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCGACAAACUCCGUCCAGAGGGU -23
Get sequence
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Mature sequence | Aga-Mir-3-o2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- UCACUGGGCAAAGUUUGUCGCAU -66
Get sequence
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