MirGeneDB ID | Aga-Mir-2-P5a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aga-mir-2944a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aga-Mir-2-P1-v1 Aga-Mir-2-P1-v2 Aga-Mir-2-P2a Aga-Mir-2-P2b Aga-Mir-2-P3 Aga-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P4-v2 Aga-Mir-2-P5a2 Aga-Mir-2-P5b Aga-Mir-2-P7 Aga-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P5a Cel-Mir-2-o5 Dan-Mir-2-P5 Dlo-Mir-2-P5 Dma-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P5 Dmo-Mir-2-P5 Dpu-Mir-2-P5 Dsi-Mir-2-P5 Dya-Mir-2-P5 Gpa-Mir-2-P5-v1 Gpa-Mir-2-P5-v2 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. gambiae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064602.1: 42670118-42670173 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P5a1) |
Mir-2-P5a1
NC_064602.1: 42670118-42670173 [-]
Ensembl
Mir-2-P5b NC_064602.1: 42670305-42670366 [-] Ensembl Mir-279-P1a NC_064602.1: 42670645-42670715 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAUAUUUACAAGCCCUGGGCGUCUACAUUGAAGGAACUUCUGCUGUGAUCUGAGUUAGGAUCAUAUCACAGUAGUUGUACUUUAAUGUCGGCACUUCCCACAAUCAUCGACGAUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCAUAUUUACAAGCCCU--| C U GA UU CUGAGUU GGG GUC ACAUUGAAG AC CUGCUGUGAU \ UUC CGG UGUAAUUUC UG GAUGACACUA A GUAGCAGCUACUAACACCC^ A C A- UU UACUAGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aga-Mir-2-P5a1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0041503 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAAGGAACUUCUGCUGUGAUCU -22
Get sequence
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Star sequence | Aga-Mir-2-P5a1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0041504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UCACAGUAGUUGUACUUUAA -56
Get sequence
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